私も全く同じ現象になりました。
受信トレイに未読メールがあるように黒くなっているのですが、トレイを開いても未読メールが無い（見つからない）状態です。
環境は、Vista Business SP2 ,Thanderbird 2.0.0.23です。

上記の方の回答にあった、「ファイル」→「フォルダを最適化」で未読メールが表示されました。
メールの件数にもよりますが、私の場合は10分程かかりました。

　
了解しました。
何もしていないのに現象が再現しなくなったのですね。
もし再現するようなことがあれば「最適化」「牽引を再構築」などを試してみてください。
　

KIKI さん
いろいろご親切にありがとうございます。
私はHIDEさんのように、受信トレイの配下ではなく、ローカルフォルダの下に振り分けフォルダを作成しています。
環境設定を全く変えていないのに、ここのところ受信メールがないのにフォルダが太字で表示されるという現象が消えてしまいました。
何が原因か不明ですが、しばらく様子を見ることとします。
大変お世話になりました。

　
新着メッセージが見当たらないフォルダに対してHide さんが紹介された
過去トピックにあるように「最適化」「牽引を再構築」を試してどうなるか
確認してみてください。

念のため Thunderbird のセーフモードで起動したらどうなるかも確認し
ておくのも忘れずに。
[参考]
「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.22 リリースノート - Mozilla Japan」
http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.22/releasenotes/#troubleshooting


結果どうなったかもよろしくです。
　

[quote="kiki"]　
新着メッセージが本当に見当たらないのか、どのフォルダにあるのか判別しにくい問題
なのか結局どちらなのでしょうか。
　[/quote]
Thunderbirdを起動したときに、フォルダが太字で表示されますが、そのうちのいくつかは、フォルダを開いてみても。新着メッセージが見当たらないのです。
遅くなりましたが、OSはWindows Vista、Thunderbirdのバージョンは、2.0.0.22です。

　
新着メッセージが本当に見当たらないのか、どのフォルダにあるのか判別しにくい問題
なのか結局どちらなのでしょうか。
　

早速のご返事、有難うございます。
引用してある過去の投稿も大変参考になりました。

　　　　
解決策ではありませんがご容赦ください。　

新着メッセージを受信した際に「受信トレイ」やアカウント名の表記が太字に
変化するのはおそらく仕様だと思われます。

以下、私の環境下でどのようになっているかの紹介です。

・アカウント設定はすべて個別にしてローカルフォルダには含めていない。
・振り分け用のサブフォルダは主にローカルフォルダ配下に作成している。
・メッセージフィルタで各アカウントの受信メッセージを上記のサブフォルダに
　振り分けるように設定している。（注：サブフォルダの階層は無し）
・新着メッセージがあると条件に一致するものはサブフォルダに自動振り分け
　をおこなうように設定。
・受信時に新着メッセージがあると該当アカウント名と振り分け先フォルダ名
　が太字に変化する。

ということで新着メッセージがあるとどのアカウントで受信したか、振り分け先
のフォルダはどこなのかが太字になるので判別しやすくなっています。
但し、サブフォルダが深い階層にあると親フォルダしか展開表示していない
場合は振り分け先のサブフォルダが太字に変化しているのが見えないので
わかりません。

私の場合は先にも書いたようにサブフォルダに階層を作ると新着メッセージ
があった場合に左側のフォルダペインをすべて展開表示しておかないと判別
しにくくなるのと横に広がりスペースを取ってしまい、メッセージペインが狭く
なるのでほとんどのサブフォルダは階層無しにしています。

hiraga さんの場合はおそらく振り分け先フォルダに階層があるためわかりに
くくなっているのではと推察します。
この場合の操作上での工夫点としては「フォルダビュー」という表示切り替え
機能を利用すると未読メッセージのあるフォルダだけを表示してくれますので
少しは見つけやすくなるかと思われます。
　
「フォルダビュー」については以下のページの「選べるフォルダビュー」のとこ
ろを参照ください。
＊フォルダペイン最上部の「矢印に似たアイコンマーク」をクリックすると表示
　 切り替えができる機能です。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/features/]無料メールソフト Thunderbird - 機能概要 - 選べるフォルダビュー[/url]
　

[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。[/color]
　

トピ主さんへ、質問の際にはお使いの OS や Thunderbird のバージョンを書き添えるようにお願いします。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=6010]フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください][/url]

ずっと前、Mac OS 10.4 環境の Thunderbird 2.0.0.7 以前のバージョンだったかで、同じような現象に遭遇したことがあります。
その時は受信トレイの直下にサブフォルダを作り、そこに振り分けていました。
受信トレイ
　　サブフォルダ1
　　サブフォルダ2
　　サブフォルダ3
のような構成です。その振り分け用フォルダをアカウント下に移動してから再現しなくなったような記憶が・・・
同じような運用をされているか分りませんが、もし受信トレイ下にサブフォルダを作っている場合は外に出してみてください。

それ以外での問題では、Thunderbird フォーラムの過去トピックに同様のトピックがありますが、参考になりませんか？
[list][*][url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7605]未読メール数について[/url]
[*][url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7649][解決済み] 未読メールが無いのに、フォルダに未読として件数が表示される[/url][/list]
結果報告もよろしくお願いします。

受信メールの自動振り分けを利用していますが、受信メールがないのに、受信フォルダが黒く(ブロック体で)表示されるようになり、受信メールがあるのかないのかの判別がフォルダを開いてみるまで分からず、不便を感じています。
設定をどのように変更したらよいのでしょうか。