教えていただいた方法がどれもこれもだめで、結局、新規プロファイルを作成してメッセージデータなど
の必要なファイルを移行させて解決しました！ :D
ご返信と親身なアドバイス、有難うございました。m(_ _)m

　　
確認された内容は了解しました。

[quote="kiki"]消えた保存用フォルダのファイルが残っているということでしょうか。[/quote][quote="jct-k"]残っているようです。
（ノートパッドで確認すると暗号のような感じで表示されますが、情報がたくさん残っています）[/quote]
消えた保存用フォルダの名前が仮に「保存用」だとしたら "保存用" と "保存用.msf" の
２つのファイルが残っています。
そのファイルを確認してみてください。
＊サイズが 4GB 近くになっているかどうか
＊属性が他のフォルダファイルと異なっていないか

念のため上記のファイルをバックアップコピーして別の場所に保管した上でファイル名を
書き換えてみたらどうなるか試してみてください。
＊書き換えるのは "保存用" ファイルだけでＯＫです。
＊できれば英数字のみのファイル名に書き換えてみてください。（例：backup）
＊Thunderbird を終了させた状態でおこなってください。
次に Thunderbird を起動して消えたフォルダが現れたら復活成功です。

　
上記を試みても改善されない場合は Thunderbird のクリーンインストールでしょうか。
それでも改善されない場合は新規プロファイルを作成してそちらにメッセージデータなど
の必要なファイルを移行させることになるでしょうか。
　

セーフモードでの起動に関しての返答がもれていました。
残念ながら、セーフモード起動でも状況は変わりません・・・。

ご回答有難うございます。

＞何もしていないのに Thunderbird の起動時にそのようなメッセージが表示される
のでしょうか。

はい、特に何かした覚えはありません。

＞起動する以前に何かアドオン（拡張機能、テーマ）をインストールしていませんか。
アドオンはインストールしてありますが、以前にしたもので直近ではありません。

＞Thunderbird のセーフモードで起動したらどうなりますか。

＞もし何もしていないのにフォルダが消えてしまった（表示されない）のならば過去ト
ピックに類似事例があります。以下を参考にしてみてください。

同じことを試してみましたが改善されませんでした。
　
＞消えた保存用フォルダのファイルが残っているということでしょうか。

残っているようです。
（ノートパッドで確認すると暗号のような感じで表示されますが、情報がたくさん残っています）
　

　
[quote="jct-k"]先ほどPCを立ち上げてThunderbirdをチェックしようとしたところ、
「Thunderbird は Chrome に正しく登録できなかったため、インストールに失敗しました。 この問題について作者に問い合わせてください。」
というメッセージが表示され、その後Thunderbirdを起動させてみると分類・振り分けを行った保存用フォルダのいくつかが消えてしまっています。[/quote]
何もしていないのに Thunderbird の起動時にそのようなメッセージが表示される
のでしょうか。
起動する以前に何かアドオン（拡張機能、テーマ）をインストールしていませんか。

Thunderbird のセーフモードで起動したらどうなりますか。
[参照]「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.22 リリースノート - Mozilla Japan」
　　　　　[url]http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.22/releasenotes/#troubleshooting[/url]

もし何もしていないのにフォルダが消えてしまった（表示されない）のならば過去ト
ピックに類似事例があります。以下を参考にしてみてください。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=8834]立ち上げ初期レイアウトが突然かわった。戻す方法？[/url]
　

[quote="jct-k"]プロファイル内に情報が残って入るようですが、ここからどうするのがベストでしょうか。
[/quote]
消えた保存用フォルダのファイルが残っているということでしょうか。
もしそれらが残っていなかったら復旧させるのは無理でしょう。
　

先ほどPCを立ち上げてThunderbirdをチェックしようとしたところ、
「Thunderbird　は　Chrome　に正しく登録できなかったため、インストールに失敗しました。 この問題について作者に問い合わせてください。」
というメッセージが表示され、その後Thunderbirdを起動させてみると分類・振り分けを行った保存用フォルダのいくつかが消えてしまっています。
はっきりとした原因はわかりませんが、昨日PCシャットダウン前に「Glary Utilities」というソフトを使用し、レジストリクリーン・レジストリデフラグ・ショートカットの修復・スタートアップの管理・一時ファイルクリーン・スパイウェアの除去・ディスククリーン等を行いました。
ただ、これはいままで何度も行ってきて不具合が出たことはありませんでした。

プロファイル内に情報が残って入るようですが、ここからどうするのがベストでしょうか。
いくつか方法があるようですが、情報がXPの場合のものが多いため、少々自信がなく、ご教授いただけますと幸いです。

・Windows Vista　Home　Premium　64ビット
・Firefox 3.0.12
・Thunderbird: 2.0.0.22
・ウイルスソフト:Antiver