Mozilla Firefox のフォーラムに投稿されていますが、Mozilla Thunderbird の問題です
よね。
アカウント設定の「コピーと特別なフォルダ」の「コピー」で「返信元のメッセージと同じ
フォルダに返信を保存する」にもチェックを入れていませんか。
アカウント設定で送信メッセージのコピーを「送信済みトレイ」に置く指定をされていて
その設定を変えていないとしたら、下記が該当するかも知れません。
Mozilla Japan - Thunderbird サポート - ナレッジベース - 送信したはずのメッセージが「送信済みトレイ」に残らない
*質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読みましょう。
*OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。