返信時には差出人が宛先になります。
そうならないのはどこかおかしいですね。
Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認。
再現しないのならアドオンが怪しいです。
セーフモードについては以下を参照。
「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.21 リリースノート - Mozilla Japan」
http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.21/ ... leshooting
*特に事情がないのならば最新版のバージョン 2.0.0.21 にアップグレードされるのを
お勧めします。