こんにちは。
やっとおっしゃっている事がわかってきたような・・・。
これですかね?
「Bug 4504 - 振り分けの設定が保存されないことがある」
http://bugzilla.mozilla.gr.jp/show_bug.cgi?id=4504
特定のメッセージを選択して [メッセージ]>[メッセージからフィルタを作成] でフィルタ条件を
作成するとその設定内容が Thunderbird 再起動後に消えてしまっている。
つまりちゃんと設定した条件が保存されていない。
よって次に受信時に指定したフォルダ(トレイ)に移動されない。
nightly 版ですが 1.0.6 で保存されていない現象が再現しました。
nightly 版の 1.0+ (branch) では修正されているようでした。
実際にメールの送受信で確認した訳ではないので必ず起きるのかどうかは不明です。
もしこの現象が当てはまるのでしたら 1.5 がリリースされるまで待つしかなさそうですね。
(10月以降になりそうですね^^ まぁ、年内には出るでしょうけど・・・・)
当面の回避策としては、
a.[ツール]>[メッセージフィルタ] でフィルタ条件を作成する。
b.[メッセージ]>[メッセージからフィルタを作成] でフィルタ条件を作成した後に一度
[ツール]>[メッセージフィルタ] で設定画面を開いて確認して閉じてやる。
のどちらかになるでしょうか。