試してみました。

[color=#003333][環境][/color]
OS:Windows XP Pro SP3
Thunderbird 2.0.0.21 日本語版　通常モードとセーフモードの両方

[color=#003333][条件][/color]
移動先：「受信トレイ」配下と並行した場所の２箇所に移動用のサブフォルダを作成。

[color=#003333][手順][/color]
１） [受信トレイ]内の新着メッセージを選択して迷惑マークをつける。
２） 迷惑マークをつけた新着メッセージが自動的に[迷惑メール]フォルダに移動する。
　　＊[オプション] > [プライバシー] > [迷惑メール] の手動で迷惑メールをマークした
　　　 際の挙動は "[迷惑メール]フォルダへ移動する" にチェックを入れておきます。
３） 次に[受信トレイ]内の別の新着メッセージを[受信トレイ]配下のサブフォルダに移動する。
４） 「編集」メニューから「メッセージの移動を元に戻す」を選択する。
５） [color=#000099]３）で移動した新着メッセージが元の[受信トレイ]内に戻る。[/color]
　　 [color=#000099][迷惑メール]フォルダに移動した新着メッセージはそのまま。[/color]

補足：「受信トレイ」と並行した場所にあるサブフォルダの場合でも同じ結果となる。
　
ということで私のところでは再現しませんでした。
念のためセーフモード、新規プロファイルでも再現するかどうか確認されるのをお勧めします。

[quote="mckt"]バグっぽい感じがするのですが、こういうご報告はここにすれば
よろしいのでしょうか？[/quote]
バグとして報告・登録するのはここではなくて以下になります。
「Bugzilla@Mozilla」
https://bugzilla.mozilla.org/
　

今、こんな挙動になりました。
WindowsXPで
バージョン 2.0.0.21 (20090302)
です。
１）新着のメールのいくつかを選択して迷惑マークをつける
２）選択されたメールが自動的に迷惑メールフォルダーに移動します。
３）次に別の新着メールを受信トレーの中の特定のフォルダーに移動します。
４）ここで移動先のフォルダーを間違えてしまったので「編集」メニュー
　　から「メッセージの移動を元に戻す」を選択します。
５）３で間違って移動したメールが元に戻ってほしかったのですが
　　戻ってきたのは２で迷惑メールが自動的に移動したほうのメールでした。
バグっぽい感じがするのですが、こういうご報告はここにすれば
よろしいのでしょうか？
よろしくお願いします。