ご返事が遅くなり申し訳ありません。ハードディスクの空き容量不足が原因でした。

保存先フォルダ内を細かいサブフォルダに分けてからフォルダの最適化をしてやることで、残っている連続した空き領域に見合った大きさにし、デフラグで断片化を解消できるようになりました。有難うございました。

「フォルダの最適化」での注意、「メッセージ削除の仕組み」の記事も読ませていただきました。見た目に削除をしても実はマークされているだけで実質的に残っているとは予想外でした。大変参考になりました。重ねて御礼申し上げます。 :D

ハードディスクの空き容量は十分にありますか？
ご提示の条件から推測すると、720MB以上の連続した空き領域がハードディスク上に確保できなければ、そのファイルはデフラグできないと思います。
Thunderbird のファイルでなくても、１ファイルで数百MBとか数GBといった大容量のファイルは、ハードディスク上にそのファイルの容量を十分に超える連続した空き領域がとれないと、デフラグかけても断片化が解消されないことはよくあります。

あと、余計なお世話かもしれませんが、もしハードディスクの空き容量が少なくなっている状態でしたら、Thunderbird の「フォルダの最適化」でも注意が必要になるようです。詳しくはこちらが参考になると思います。
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index.cgi?id=CompactFolder

はずしてたらすみません。

WindowsXP　Pro　SP3　＋Thunderbird　2.0.0.18を使用しています。
PC内の不要ファイルやテンポラリーファイルを削除し、ディスクデフラグ処理を行ったのですが、その際、Thunderbirdの保存先フォルダ内のファイルが最適化できなかったファイルとして表示されます。
断片：８６００　ファイルサイズ：７２０MB　ファイル名：\Documents and Settings\user\Application Data\Thunderbird\Profiles\jpipn6fw.default\Mail\Local Folders\保存.sdb\hoge.sdb\hogehoge
というような感じです。
当然この保存先フォルダは「フォルダの最適化」を行っています。
Thunderbirdのメッセージ保存先フォルダのファイルのディスクデフラグによる最適化はできないのでしょうか？ご教示下さい。 :roll: