アカウント設定のサーバ設定で、[ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する] がチェックされていると、ローカルで削除したものはサーバから削除することができますので、特定メールをサーバから削除することができます。

あとは「ローカルには残す」との両立ですが、Thunderbird ではプロファイルを複数作ることができますので、「ローカルには残す」用のプロファイルと、「特定メールをサーバから削除する」用のプロファイルを、それぞれ作ればいいんじゃないでしょうか。

以下、思いつきです・・・動作の検証はしてはいません。
メッセージフィルタで「サイズ」「が次の値以上」「xMB」(xMBは任意の値)の条件で、
動作を「メッセージをPOPサーバから削除」に設定。
で、受信時にこのフィルターを自動で作動させると、そのマシンでメールを DL 後は
サーバ上からは削除されている・・・かな?

始めまして、当方、MacG4 OS10.3.9
バージョン 2.0.0.18 (20081105)での使用環境です。
Thunderbirdで、POPサーバーから定期的（10分おきぐらい）にダウンロードしています。
サーバーには一定期間（5日間ほど）残しておく設定にしています。
自宅のPC等他のマシンでも同様のメールをダウンロードするためです。
プロバイダーの制約で、メールフォルダーには容量制限があります。
仕事上、画像や映像データーをやりとりすることが多くたまに５MB程度のデーターを添付で
送ってこられるお客様がいらっしゃるので、メールフォルダーの容量がいっぱいになり
他の通常メールが跳ね返されるということがしばしば起きていました。
以前「Microsoft Entourage」を使っていたときは、「接続状況」という項目があり
「このメッセージのコピーがサーバー上にあります」という表示がなされ
「サーバーから削除する」ボタンを押すことにより任意のメールのみを、
サーバーから削除することが出来ました。その機能を利用し、大きなデーターが
添付されたメールは、その都度そのメールのみ、サーバーから削除していました。
同じようなことはThunderbirdでは出来ないのでしょうか？