質問の際は、あなたの環境( OS および Thunderbird のバージョン等)を明示して下さい。
お約束事が以下リンク先にありますので一読下さい。
[url=http://mozillazine.jp/forums/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url]

[quote="komakoma"]１）“送信日時”は送信者のPCの時計の値に依存しているのでしょうか?[/quote]
送信日時は送信者側が送信した時刻ですから、送信者側の時計に依存します。


[quote="komakoma"]２）もし、そうだとすると、“送信日時”でソートした場合、トピックを開始したメールとレスポンスされたメールとの前後関係が狂ってしまいます。これを回避するために、メールサーバの受信日時を表示し、これでソートすることはできないでしょうか?[/quote]
このフォーラムの [url=http://forums.mozillazine.jp/search.php]検索[/url] 機能がありますので " 受信日時 " のキーワードで検索してみて下さい。
ヒントになる様なトピックがあると思います。


[quote="komakoma"]３）メッセージリストペインの列表示項目のカスタマイズ方法について教えてください。[/quote]
以下のトピックなどで紹介されている様な事でしょうか?
MozillaZine.jp :: トピック - [url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=4230]Thunderbird1.5.0.9-メールの重要度は表示できないのですか？[/url]
MozillaZine.jp :: トピック -[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=5554]メールのサイズ[/url]
表示項目の順序を変えたければ、移動させたい項目(例えば "件名" )へポインタをもって行って、
移動したい場所(例えば "送信者" の後ろなど )へドラッグします。

細かい事ですが、Thunderbird の場合、メッセージリストペインでなくスレッドペインと言う呼称になります。
以下、参考まで。
[url=http://kb.mozillazine.org/Window_layout_-_Thunderbird#Layouts]Window layout - Thunderbird - MozillaZine Knowledge Base[/url]

最近、気がついたのですが、受信したメールを“送信日時”でソートした時に、未来の時間に送信されたメールがあることが分かりました。

１）“送信日時”は送信者のPCの時計の値に依存しているのでしょうか?
２）もし、そうだとすると、“送信日時”でソートした場合、トピックを開始したメールとレスポンスされたメールとの前後関係が狂ってしまいます。これを回避するために、メールサーバの受信日時を表示し、これでソートすることはできないでしょうか?
３）メッセージリストペインの列表示項目のカスタマイズ方法について教えてください。