ご回答いただきありがとうございます。

その後、色々と調べてみましたら、W2K3のファイルスクリーンの設定で prefs.js ファイルが実行ファイルとして扱われてしまい弾かれていました。

フォルダリダイレクトは関係なく、リダイレクトした先にファイルスクリーンの設定がしてあることが問題でした。

まさか、プロファイル内のファイルが実行ファイルとして扱われているとは思いませんでした。ありがとうごうざいました。

プロファイルを、(リダイレクトを使わずに)その共有フォルダ上に置いた場合はどうなりますか？
(リダイレクトと相性が悪いのか、それともその共有フォルダとの相性が悪いのか、問題の切り分けのため。)

Thunderbirdの2.0.0.16を利用しています。

W2K3のグループポリシーのフォルダリダイレクトの設定で、Application Dataフォルダを共有されたネットワークディレクトリを指定すると、アカウントの設定の変更内容が保存されません。フォルダリダイレクトをローカルの　C:\Documents and Settings\%username%　に戻すと変更した内容が保存されるようになります。ディレクトリやファイルのアクセス権も確認しましたが変更可能で、プロファイル内の一部のファイルは、更新されているようです。

Application Dataフォルダを共有フォルダにフォルダリダイレクトしてした場合でも変更内容が保存されるようにならないでしょうか？