投稿先を違えていたようです、移動有難うございました。
私の環境はOSはWindowsXP,ThunderBardのヴァージョンは2.0.0.12です。
userChrome.cssの場所はわかっており、カスタマイズもしているのですが
新着メッセージがあった場合、タスクトレイにポップアップする通知の色を変えたいのです

あなたの使っている OS によりカスタマイズで扱うファイル格納場所が異なります。
投稿の際は、あなたの環境( OS および Thunderbird のバージョン)を明示して下さい。
質問の際は、お約束事があります。
以下リンク先を一読下さい。
[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url]


[quote="つぼ"]新着メッセージの通知に表示される文字色や背景をカスタマイズしたいのですが
設定場所がわからないのです。[/quote]
以下のトピックを参考にして下さい。

MozillaZine.jp :: トピック - [url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=20606]未読の受信メッセージの色[/url]
MozillaZine.jp :: トピック - [url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7217]【MacOS X】メッセージリストとフォルダリストのフォントを変更したい[/url]

新着メッセージの通知に表示される文字色や背景をカスタマイズしたいのですが
設定場所がわからないのです。
どなたかわかる人いましたら教えていただけないでしょうか。


[color=brown]# 質問の内容からメールアプリに関する話題と判断しましたので「mozillaZine 日本語版について」のコーナーから
　　「Mozilla Thunderbird」のコーナーにトピックを移動しました。 (by POCH）[/color]