こんにちは。

似たような事例として、【ある期間のメールが消えてしまいました】がフォーラムの過去トピックにありますが、参考にならないでしょうか。
上記トピックでの原因は追加した拡張機能のようですが、拡張機能をインストールしているようでしたら、一度セーフモードで起動して見てください。

　通常使用をしており、本日メーラーを開いた際に、受信トレー内の3/26～本日のメールが全て消えていました。
　しかし、他のフォルダ（送信済みフォルダ、ゴミ箱、迷惑メールフォルダ、その他作成したフォルダ）内には、3/26～本日のメールも保管されていて、消えていません。
　過去のトピックを検索して
　　・受信トレイのプロパティから、索引の再構築
　　・プロファイルから、invox.msfの削除
　なども行なってみましたが、なんら変化はありません。

　ちなみに、送受信は無事に現在行なえています。

　以下がＰＣ環境です。

　　・Windows XP SP2
　　・Firefox 2.0.0.13
　　・Thunderbird: 2.0.0.12