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外してるかもしれませんが ･････ フィルタ等で、特定の条件のメールを自動的に削除したりするような
設定にしてませんか？

あとは（バックアップを取った上で）受信トレイも含めた各フォルダの「最適化」と「索引の再構築」を
試してみてはいかがでしょうか？

件名の通りです。
着信音がした後、ポップアップは表示されず、タスクトレイに着信マークが入ります。
それにポインタを合わせると「○○（一番上の所。ここは自分の名前が入ってます）に1通の新着メッセージがあります」と表示されます。
どこにもメールは着ていません。
そして表示しているファイルを変更する（受信トレイを開いていたら送信済みトレイを開く）とその表示も消えるのですが、1分くらいでまた同じ現象が起こります。
たまにこうなっていたのですがいつもは再起動したらどうにかなってましたが、今回は駄目でした。
これは一体どのようにしたら直るのでしょうか。

私はYahooBBのメールアドレスを使用していて、Yahooからのメールを受信トレイに着信してからこうなってます。