送信日時は送信した時刻ですから、送信側の時計での日時です。
受信した順序で表示したいのであれば、表示 -> 並べ替え順序 で 受信順 を選択してください。
# 実際には、受信順ではなく、そのフォルダに入れた順です。
# 受信したのとは違う順序でフォルダに移動させると、移動させた順となります。
また、Thunderbird 2.0.0.5 以降のみの話で、このフォーラムには情報がないようですが、送信日時の欄に送信日時ではなくメールサーバが受け取った日時が入るようにする方法があります。
http://forum.mozilla.gr.jp/?mode=al2&na ... &&KLOG=247
を参考にするか、mailnews.use_received_date でググる等してみてください。