以下、過去の類似事例です。
メールが削除できなくなりました。
上記リンク先には記載していませんが、
設定やメールデータが格納されているプロファイルフォルダの中にある
メールデータに関するフォルダおよびファイルの属性が
読み取り専用になっていたりしないかなどもも確認してみて下さい。
XP の場合、プロファイルフォルダに格納されているメールデータに関するフォルダは
以下パスの場所となります。(xxxxxxxx はランダムな英数字)
C:\Documents and Settings\[User]\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\
Windows の場合、 Application Data フォルダは隠し設定になっています。
従って、通常は不可視となっていますので隠し設定を解除します。
解除方法は "隠し設定" とか "隠し属性" キーワードで
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