詳細にレポートしてくださり、ありがとうございます。
同様のケースに遭遇された方には今後おおいに役立つと思います。

[quote="siwam2001"]＜結論＞
・なんらかの理由で、メッセージフォルダ内の管理データ（正式な名称はわかりかねますが、
”Inbox”、”Inbox.msf”を含むディフォルト生成のデータ）に何らかの不整合が発生していたと
思われます。
・状況発生の根本原因は、不明ですが、以下2点のどちらかかと思います。
　１）侵入したウィルスの影響：可能性は低そうだが。
　２）OSインストール、Thunderbirdインストール後に、過去の[b]メッセージデータを移行しようと
　して、私が何らかの操作ミス[/b]を行い、上記管理データ部分に不整合を発生させた。[/quote]
Inbox はメッセージ本体のファイルで Inbox.msf はその要約ファイル（インデックス）です。
メッセージを削除しても削除フラグが立つだけで実際には削除されません。
長い間プロファイルを使いまわして最適化などをおこなわないとこの .msf ファイルの不整合
が起こりやすくなります。逆に言うとあまり頑丈なものではないという事です。
おそらく操作ミスなどではないと思いますが、メッセージの移行をする際は xxx.msf は無視
してメッセージ本体だけでいいかと思います。そうすると移行先で Thunderbird を再起動さ
せると xxx.msf を自動的に再生成しますのでリフレッシュできます。

最適化についてはまめにおこなったほうがいいのですが、手動では面倒なのでオプションの
[詳細] > [ネットワークとディスク領域] > [ディスク領域] にチェックを入れて適当なサイズ
を指定してやるとその都度 Thunderbird が「最適化しますか？」と聞いてくるようになります
のでお勧めします。

どうも処理速度が遅くなった、重たくなったとか、削除したはずのメッセージが復活するなどの
現象が出た時は [最適化] > [牽引を再構築] > [.msf の削除] の順番で対応してみると解
決される事が多いです。ご参考までに。 :wink:

ご連絡いただいたので、回答だけはしておきます。

[quote="kiyo4_k"]セキュリティツールが お節介にURLを接続してチェックしている、ってことは無いですよね
＃ そういう機能がX64でバグが発症している、とか。[/quote]
=>ないとおもいます。否定的です。（一応解決したので）
[quote="kiyo4_k"]＃ 加えて、Dドライブが圧縮ディスク、とか[/quote]
＝＞圧縮していません。最終的に、メッセージの保存先を、Dドライブに戻しても、従来どおり
正常動作しています。

お世話をおかけしました。

皆さん、ご協力ありがとうございます。一応、投稿ルール当には目を通したのですが、逸脱している
場合は、ご容赦願います。"Premier"さんの記載ご指導で、なんとかやってみました。
[quote="Premier"]まず、メッセージを大量に受信トレイなどに溜め込んでいるようでしたら[color=blue]「最適化」や
「牽引を再構築」[/color]をしてみてください。
＊フォルダを右クリックすればメニューの中にあります。
[/quote]
・これについては、「大量に受信トレイなどに溜め込」などないので、該当外です。念のためやってみましたが。

[quote]
もし受信トレイ直下にサブフォルダを作ってメッセージを振り分け保存しているのなら
受信トレイと並行した場所にフォルダを移動されるのをお勧めします。
＊アクセスの度にファイルの書き換えを頻繁におこなうため、不整合が起こりやすい。
[/quote]
・これも、「受信トレイ直下にサブフォルダ」をつくっていませんので、対象外でした。

[quote]
それでも改善が見られないようなら以下を試してみてください。
[color=blue]1.Thunderbird のセーフモードで起動。
2.新規プロファイルを作り、それを適用する。
3.クリーンインストール。[/color]
メッセージデータ、アドレス帳などが保管されているプロファイルフォルダはしっかり
バックアップを取った上でおこなってみてください。
[/quote]
・結局、事例・状況不明確と見て、[color=blue]「3.クリーンインストール」[/color]にて、対応する
こととしました。最終的には、解決したと思われる（単純に、クリーンインストールが解決理由ではないが）ので、
以下、経過を記します。
１．Thunderbird をUnInstall後、再Installするが、過去のプロファイル情報が引き継がれている
ためか、アカウントデータがそのまま再現され、なんら解決せず（プロファイル情報の存在場所を認識していなかった）。
なんとか、”Documents and Settings”配下に存在することを発見。
（以下、メールデータの読み込みテスト以外は、Thunderbird のセーフモードで、実施）
２．”メッセージの保存先”を、デフォルトフォルダに戻して、メッセージデータを移行しようとするが、
Windows のコピーに失敗（CRCエラー...とか出ていたが細部は不明）。改めて、アカウントの
メッセージフォルダ内の詳細を確認すると、[b]ディフォルトで生成される”Inbox”、”Inbox.msf”や
その他のディフォルトの管理データが怪しい[/b]のではないかと推定した。
特に、”Inbox”、”Inbox.msf”が肥大化しているような気がした。
３．そのため、アカウントの全削除を行い、新アカウントを改めてディフォルトのフォルダに定義した。
この段階で、メール受信し表示・削除テストするとまったく正常な動作・反応速度であった。そこで、
過去のアカウント情報から紐付くメッセージデータのうち、ディフォルト生成外（つまり、自分で振り分
けておいた”サブフォルダ”、”サブフォルダ.msf”）のものを、新アカウントの定義下のコピーした。
この結果、メール受信し表示・削除テストおよび、移行したサブフォルダの中のメッセージ表示・
削除・移動テストもまったく問題なしとなった。
＜結論＞
・なんらかの理由で、メッセージフォルダ内の管理データ（正式な名称はわかりかねますが、
”Inbox”、”Inbox.msf”を含むディフォルト生成のデータ）に何らかの不整合が発生していたと
思われます。
・状況発生の根本原因は、不明ですが、以下2点のどちらかかと思います。
　１）侵入したウィルスの影響：可能性は低そうだが。
　２）OSインストール、Thunderbirdインストール後に、過去の[b]メッセージデータを移行しようと
　して、私が何らかの操作ミス[/b]を行い、上記管理データ部分に不整合を発生させた。

[quote]
ひょっとしたらウィルススキャン関連のアプリケーションの機能で負荷がかかって重た
くなっているのかも知れませんね。
そのあたりも確認した方がいいかもです。[/quote]
・ウィルススキャンは、avast! 4.7　HOME　をつかってますが、過去の状況および他の
アプリケーションとの競合等を含めて、影響はなしと判断しました。

[quote="siwam2001"]・メールの内容は、URLを含むものがおおいのですが、原則画像取り込みはOFFにしています。[/quote]セキュリティツールが お節介にURLを接続してチェックしている、ってことは無いですよね。
＃ そういう機能がX64でバグが発症している、とか

＃ 加えて、Dドライブが圧縮ディスク、とか

まず、メッセージを大量に受信トレイなどに溜め込んでいるようでしたら[color=blue]「最適化」や
「牽引を再構築」[/color]をしてみてください。
＊フォルダを右クリックすればメニューの中にあります。

もし受信トレイ直下にサブフォルダを作ってメッセージを振り分け保存しているのなら
受信トレイと並行した場所にフォルダを移動されるのをお勧めします。
＊アクセスの度にファイルの書き換えを頻繁におこなうため、不整合が起こりやすい。

それでも改善が見られないようなら以下を試してみてください。
[color=blue]1.Thunderbird のセーフモードで起動。
2.新規プロファイルを作り、それを適用する。
3.クリーンインストール。[/color]
メッセージデータ、アドレス帳などが保管されているプロファイルフォルダはしっかり
バックアップを取った上でおこなってみてください。

ひょっとしたらウィルススキャン関連のアプリケーションの機能で負荷がかかって重た
くなっているのかも知れませんね。
そのあたりも確認した方がいいかもです。

OSは、[b]Windows XPx64 SP2[/b]、Thunderbird 2.0.0.9 を使用しています。
先日、ウィルスに進入されたので、[b]C:ドライブをフォーマットかけてインストールしなおしました。[/b]ところが、Thunderbird 2.0.0.9　で、MTA（@nifty）から、メールをダウンロードするのに２～４倍ダウンロードが遅くなりました。さらにひどいのは、[b]メール１本を削除（ゴミ箱移動）するのに１５秒程度[/b]かかってしまいます。なにか、そのような事例・対策はあるのでしょうか？お願いします
＜補足＞
・ウィルスは、トロイの木馬で、Yahoo!ページの広告を改竄するタイプのものでした。
・メールデータの実態は、デフォルトではなく、D:ドライブで保管しています。
　ウィルス進入後、データは異常ないようだったので、そのまま移行して使用しています。
・どうも、このD:ディスクとのアクセスが頻繁に発生しているようです。（DISK動作音より）
　（画面下部のプレビュー画面の表示が異常にレスポンスが悪い！）
・Thunderbirdの設定オプションを見る限り、これほどの影響を与えるものはなさそうです。
・メールの内容は、URLを含むものがおおいのですが、原則画像取り込みはOFFにしています。[