Caiさん、ありがとうございます。
そういう設計思想なのですね。。。
さきほどAdd-onsを物色していましたら、こういうのを見つけました。
Tag Toolbar 0.6.10
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/4970
根本的な解決にはなっていませんが、随分操作しやすくなりました。

少なくとも標準の機能では無理でしょう。
gmail のように、一つだけではなくいくつでも自由につけられるようにしようというのがThunderbird のタグのコンセプトですから。
拡張機能を使えば可能かもしれませんが、そのような機能を持ったものは見たことがありません。

Thunderbird 2.0.0.9を使っています。OSはXP Pro SP2です。
１つのメッセージに「タグ」を複数付けることができますが、これを1つだけにすることはできないでしょうか？
以前のバージョン(1.x?)での「ラベル」ではそのようになっていて、ラベルで仕事の優先順位を表すのに重宝していました。たとえば、「要返事」というタグのメールに返事を書けば、「返事待ち」というタグに変更したいのですが、現状のタグの複数割り当て可能な仕組みでは、タグ変更が2度手間になってしまいます。操作を対比すると以下のようになります；
・タグ：「要返事」をチェックオフして、「返事待ち」をチェックオンしなければならない。
・ラベル：「返事待ち」をチェックするだけで、「要返事」はオフになっている。
ちなみに、タグの色の反映の仕方が、タグ番号が小さいほうを優先するので、仕事の優先順位の低いものをタグ番号の小さいものに割り当てれば、とりあえず上記の問題は回避されるのですが、過去の数千件のメールにつけられたタグ（ラベル）を入れ替えなければならなくなるので、だめなのです。
本件、既出であればすみません。一応検索したのですが、見当りませんでした。どうぞよろしくお願い致します。