その空メールがどんなものなのか情報が少なく、具体的ではないので想像です。
件名、送信者などの表示がなく、送信日時が 1970/1/1 9:00 となっているか、
または異なる送信日時だが同じメッセージの場合は過去のトピックにいくつか事例
があります。
以下を参照して解決を試みてください。
また解決できたらその旨もぜひレポートしてください。

[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=336]迷惑メールが消えない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=2104]送信日時いがいは空っぽのメールを削除しきれない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=2317]迷惑メールフォルダから消えないメールがあります。[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=6365]迷惑メールフォルダーに、消せないメッセージが有ります。[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=6873]迷惑メールフォルダーに【空メール（幽霊？）】迷惑メールのマークを自動に付けたい[/url]

[quote="test2"]再インストール以外で解決法があれば是非、教えて下さい。お願いします。[/quote]
ほとんどの不具合の場合、再インストールでは解決されないことが多いです。
それは各種設定情報やユーザデータなどがプロファイルフォルダに保管されている
からです。

[color=darkred]# test さんと test2 さんは同じ方のようにお見受けします。
　 もしそうならハンドルを変えての投稿はやめてください。[/color]

[quote="test2"]ある特定のレンタルメールサーバーが提供しているメールアドレスにて
空メールが大量に届くようになりました。[/quote]余裕が有れば他のメーラで試してどうなるか調べてみて下さい。

似たような現象のトピックが有りますが、結果がわかりません。
「件名: 受信メールの後半に、大量のブランク行が付加されてしまう」

[quote="test2"]業者に確認した所、ログを含めてエラーは出ていないメーラーの問題だろう
との事でした。[/quote]空のメールも出ていないことも確認しましたか？

ところで、「空メール」というのはどういう状態ですか？　本文以外のFromやToなどは表示されているのでしょうか？
ctrl+uでソ－スが見れます。以下のヘッダが揃っているような まともなメールでしょうか。
Return-Path:
Received:
Date:
From:
To:
Subject:
MIME-Version:
Content-Type:
Content-Transfer-Encoding:


それと、「いつから」、「何をしたときから」が判れば書いて欲しいです。

ある特定のレンタルメールサーバーが提供しているメールアドレスにて
空メールが大量に届くようになりました。
業者に確認した所、ログを含めてエラーは出ていないメーラーの問題だろう
との事でした。

再インストール以外で解決法があれば是非、教えて下さい。お願いします。

□レンタルサーバー使用ソフト
　qmailadmin 1.2.9
　vpopmail 5.4.12
□環境
　Let'snote CF-W5KW8AXR
　WinXP_Pro_SP2
□ウィルス対策
　Active Virus Shield
□Thunderbird
　2.0.0.9