自動更新でなく、バージョン２．０．０．９をダウンロードして改めてインストールし直しました。
以前、私が投稿（下記参照）した通りに実行したところ、無事アップグレードできました。
　http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5877
手順は以下の通りです。
　１、Ｔｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄ2.0.0.6をアンインストール
　２、Ｐｒｏgrame Filesフォルダー内のMozill Thunderbirdフォルダーを削除（実際は名前の変更）
　３、Thunderbird2.0.0.9をインストール

[quote="hkdcy"]当方の場合は、RaidManagerの終了で更新できました。[/quote]
すいませんが後学のために具体的に教えてもらえませんか？
RaidManager って何ですか？
それって Windows の種類には関係ないのでしょうか？
終了とはタスクマネジャでプロセスを終わらせることですか？
あるいは常駐解除することですか？
もしくはアプリケーションを終了させるのでしょうか？
何も知らないで申し訳ありません^^;

まったく同様の問題起きました。

バージョン更新がなされる前に遡りWindowsのシステム復元をし、システム復元後、Thunderbirdを起動したら、無事に更新されました。

現在の状況　バージョン ： 2.0.0.6
OS : Windows XPpro SP2

同様の現象が起こりました。
当方の場合は、RaidManagerの終了で更新できました。

[quote="まっかちゃん"]11/15に自動更新で２．０．０．９へ更新しようとしました。
しかし、下記のメッセージが表示されて、更新ができません。
「１つ以上のファイルを更新できませんでした。他のすべてのアプリケーションを終了していること、ファイルの書き込み権限があることを確認の上、Thunderbirdを再度試してください」
対処方法のアドバイスお願い致します。[/quote]
このフォーラムのトップに[url=http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=6539][参照情報] Windows Vista OS でのトラブルと対処[/url]が常駐トピックとして設置されていますが、そちらはお読みになりましたか？
そこに更新に失敗する場合の原因と対策も書かれています。
まずは上記トピックを参考に対処してみてください。

現在の状況　バージョン：２．０．０．６（２００７０７２８）
　　　　　　　　　ＯＳ：Windows Ｖｉｓｔａ　Ｈｏｍｅ　Ｐｒｅｍｉｕｍ

　11/15に自動更新で２．０．０．９へ更新しようとしました。
しかし、下記のメッセージが表示されて、更新ができません。
「１つ以上のファイルを更新できませんでした。他のすべてのアプリケーションを終了していること、ファイルの書き込み権限があることを確認の上、Thunderbirdを再度試してください」
対処方法のアドバイスお願い致します。