私も、この事象になりました。
Thunderbird 3.1.7 (Windows)
メールサーバ 自社構築でのIMAP使用

アカウントの受信トレイを右クリック→プロパティ→同期タブ内「このフォルダをオフラインで使用する」にチェックが入っていると「本文」でのフィルタがかけられます。

「このフォルダをオフラインで使用する」にチェックが入っていると「本文」のフィルタ条件が表示されません。

ここからは推測ですが、上記にチェックが入っていると、メールサーバへの着信時、ヘッダのみダウンロードしてくる→本文でのフィルタがかけようがない、ということではないかと思っています。
そのため、上記のOSやメールサーバなどは特にこの状況には、関係がないと思われます。

ご返答いただきありがとうございます。

条件に「本文」が入っていない原因は、サーバをIMAPに設定していることでした。
POPでアカウントを作成し確認したところ、フィルタ設定条件に「本文」が入っていました。
サーバをPOPに変えることにいたします。

どうもありがとうございました。

[quote="at900396"]製品名：Thunderbird
バージョン：2.0.0.6 (20070728)
OS：Windows XP SP2

概要：
メールを受信するアカウントにメッセージフィルタを設定する際、条件の欄に「本文」だけがなぜか入っていません。
対象アカウントを「ローカルフォルダ」という別アカウントにすると、こちらには入っています。ですが、このアカウントに設定しても意味が無いので困っています。
これは仕様なのでしょうか？ご回答宜しくお願いします。[/quote]
「本文」がないアカウントって IMAP ではないでしょうか？
僕の環境では POP、ローカルフォルダでは「本文」がありますが IMAP にはありません。
IMAP ではローカルに本文を保存しないため、振り分けのターゲットから除外されているのだと思います。

こんにちは。

[quote="at900396"]メールを受信するアカウントにメッセージフィルタを設定する際、条件の欄に「本文」だけがなぜか入っていません。[/quote]
当方ではローカルフォルダ内のアカウントも単独アカウントもメッセージフィルタの条件設定の
項目に「本文」はあります。

以下、スクリーンショット参照。

[img]http://img134.imageshack.us/img134/4584/filteroption02qz7.png[/img]

[環境]
OS : Windows XP Pro SP2
Thunderbird : 2.0.0.6 日本語版
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.8.1.6)
Gecko/20070728 Thunderbird/2.0.0.6 ID:2007072817

・Thunderbird のセーフモードでどうなるか。（拡張機能、テーマが不具合を起こしているか）
・新規プロファイルでどうなるか。（プロファイルの一部が壊れているか）
の２点で確認されてみてはいかがでしょうか。

製品名：Thunderbird
バージョン：2.0.0.6 (20070728)
OS：Windows XP SP2

概要：
メールを受信するアカウントにメッセージフィルタを設定する際、条件の欄に「本文」だけがなぜか入っていません。
対象アカウントを「ローカルフォルダ」という別アカウントにすると、こちらには入っています。ですが、このアカウントに設定しても意味が無いので困っています。
これは仕様なのでしょうか？ご回答宜しくお願いします。