BINGO!でした。
表示メニューはしっかり見たつもりでしたが、これは気がつきませんでした。
ありがとうございます。

ゴミ箱がグループ化表示になっているのでは?
グループ化表示の解除は以下順。

問題のあるゴミ箱フォルダを選択します。
表示 -> 並べ替え順のメニューの下の方で「グループ化」が選択されていませんか。
「非スレッド」を選択してみて下さい。

複数のメールアカウントを作っているのですが、そのうちの一つのアカウントのゴミ箱フォルダ（標準の場所）をクリックすると、件名の欄に「＞昨日」と「＞今日」といったタグのようなものがあり、左の三角（＞）をクリックするとその下に該当の日にゴミ箱行きとなったメッセージが表示されます。

いちいちクリックしないとゴミ箱の中身が見られないので、これを無くしたい（デフォルトのゴミ箱のようにしたい）のですが、どうすれば無くせるでしょうか。どこかに設定があるのかと思い、色々探してみましたが見つけられませんでした。

ご存知の方がおられましたらご教示お願い致します。

環境は下記のとおりです。
MacOS 10.4.10
Thunderbird 2.0.0.6 (20070728)