"ものぐさ父さん"さんは IMAP 環境でしたよね。
IMAP 環境でのタグの問題点が以下の本家の Knowledge Base で書かれてました。
Tags - MozillaZine Knowledge Base
http://kb.mozillazine.org/Tags
この中で、以下内容が一連の不具合(検索フォルダ関連、タグ情報関連)に関連しているような気がします。
引用:
There is a bug in how tags are stored when a message is moved from a remote folder to a local folder.
The information is stored in the .msf file rather than using a X-Mozilla-Keys: header. This means you can't search or filter that tag, and if you delete the .msf file in an attempt to fix a mildly corrupted folder you lose the tag.