Piroさんのやり方で、しばらく試してたのですが、検索フォルダにて実現する方法はかなり便利でこの方法で行こうと思ってました。
しかし、別の問題が起こっています。
「メッセージフィルタ」にてフィルタリングしている mail を受信すると TB が固まってしまいます。
何回か、5分ほどほっておいたのですが、受信する気配もなく、タスクマネージャのタスクの終了にて落とさないとどうにもならない状況です。
TB 1.x のときはこういう状況にはならなく、TB 2.0.0.0 の時(使用期間はかなり短いですが)もこういう現象は起こらなかったと思います。
ちなみに、現在は TB 2.0.0.4 を使用しています。
どなたか同じ現象に陥ってる方、問題解決方法を知っている方、ご教授ください。

Piro さん情報ありがとうございました。
これいけそうです。
メッセージフィルタを設定しておいて、その振り分け先を「新着メール」で設定しました。
ここで、あえて「受信トレイ」は「選択」からはずしました。
新着で且つ振り分けられた mail をここで確認し、その他は「受信トレイ」にて確認することにしました。

その他、情報をいただいた 30シケルさんありがとうございました。

先ほど返信した30シケルです。
ごめんなさい、自動でフィルターが掛かるのを受信トレイ以外に設定するのは先ほどの方法ではできませんでした。よく確認してませんでした、もうしわけないｍ（＿’＿）ｍ

受信時のフィルタの無効化:
メッセージフィルタを開くと、一番下(リストより更に下)に、"フィルタを使用するフォルダ"という設定があります。そこを"受信トレイ"以外に設定しておけば、受信時にフィルタリングされる事はありません。

後日の振り分け方法:
後日、受信トレイのメールを振分けたいときには、受信トレイを選択した状態で、メニューのツール->
"フォルダにフィルタを適用"から実行できます。また、先のフィルタを使用するフォルダを、一時的に受信トレイにして実行してもOKです。

1. ファイル→新規作成→検索フォルダ を選択
2. 名前を「新着メール」と入力
3. 検索対象の設定で「選択」ボタンを押して、「受信トレイ」と、メールを振り分ける先のフォルダすべてにチェック
4. 「いずれかの条件に一致」を選択
5. 「状態」「が次と異なる」「既読」に設定して「+」をクリック
6. 「送信日からの日数」「が次の値以下」「3」に設定

てな感じではどうでしょうか？　日数の設定はお好みで。
受信時に全てのメールを振り分けても、この検索フォルダを見れば、
未読メールと最近数日のメールをフォルダを横断して見られます。

POCH さん返信ありがとうございました。

確かに、これだと随分楽に振り分けできました。
なので、多く来る mail に対してはこの方法使わせてもらいます。

ただ、全部となると作業量としてはあまりかわらないので、どなたか別のいい方法があればご教授ください。

チョッと視点を変えて(回答になってないですが)、メッセージフィルタでなく「絞り込み」機能を使った
手動での振り分け方法のご紹介です。(私、この方法で振り分けやってます)

表示->ツールバー->カスタマイズで「絞り込み」と言うのがありますので
ツールバーにドラグ&ドロップして下さい、ツールバーに「絞り込み」が表示されます。
(この操作の後、「表示」のメニューの中にも「絞り込み」が表示されます。)
ツールバーの「絞り込み」のプルダウンメニューで「カスタマイズ」をクリックすると
「絞り込み条件の設定」ダイアログが出てきます。
新規を選択するとメッセージフィルタの条件設定に似たウィンドウが出てきますので
お好みの設定条件を作って「絞り込み条件名」を設定します。
この手順で何種類かの設定条件を作って「絞り込み条件名」を付けて行きます。
これで「絞り込み」のプルダウンメニューの「ユーザ設定」に
作成した「絞り込み条件名」が出てきます。
受信ボックスで絞り込みたい「絞り込み条件名」をクリックすれば
その条件のメールだけが表示されますので全選択して「メッセージを移動」で
別フォルダに移動します。

この方法だと絞り込む条件が一つに限られるのが難点となりますが、
検索フォルダと併用することによりANDも出来ます。

はじめまして。
メッセージフィルターについて教えてください。
私がやりたいことは、まずは「受信トレイ」にて mail を受信し、読んだ後(何日かに一度) メッセージフィルタにて mail を振り分けたいのです。
現状だと、メッセージフィルタの設定をすると mail 受信時に振り分けられちゃうので何がどこに行っちゃってるのか分からなくなり、読み忘れが出てきそうです。
フォルダが太文字になっていたり、未読数が出てきますがそれでも埋もれてしまいそうで。
現在は、「メッセージフィルタ」にて何10個という設定を有効にし、「フォルダにフィルタを適用」し、mail を移動させ、「メッセージフィルタ」にて設定を無効にする、ということを実施しています。
もう少し効率のいい方法があればご教授ください。

このforumは全て「メッセージフィルタ」で検索し、該当するような内容がなかったので投稿させてもらいました。
また、アドオンもそれっぽいのがなかったので。

使用OS: Windows XP SP2
使用TB: 2.0.0.0

以上です。
よろしくお願いします。