いろいろとアドバイス有り難うございます。

只、スレッド表示は個人的には馴染めないので
割り切って使う事とします。
（アドバイスを頂いたのに申し訳ありません）

スンマセン。忘れていました。
user.js にuser_pref("mail.thread_without_re", false);を加えておかないと、スレッド表示で同じ件名のメールが一つにまとまってしまいます。
手法はPremierさんの紹介しているMozilla-gumi Forumの内容でオッケーです。
設定を保存して再起動、表示方法をスレッドにすると：
Re: 1st message　/2007.1.1 0;00 AM
- Re: 1st message　/2007.1.1 0;05 AM
---- Re: 1st message　/2007.1.2 0;00 AM
- Re: 1st message　/2007.1.1 0;10 AM
のように表示されます。
ただし、この方法ではソート方法を変更するとデフォルトの【非スレッド】に戻ってしまうので、その都度、表示をスレッドに戻す必要があります。
これを回避するには　”Message-IDでスレッドをまとめたいのですが”　のlevelさんのＲeが参考になると思います。
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5876

ただ、私の環境：PowerMac G5 / OS 10.4.9 / Thunderbird 2.0ではInbox.msfを削除すると、なぜか受信アイコンをクリックしても反応しなくなるという不具合が出ました。（2.0.0.4でも）
Inboxに作ったサブフォルダーや以下に作成したフォルダーの.msf削除では問題ないようです。

＃補足です
この方法を試されるのでしたら、プロファイルフォルダーのバックアップを取り、SMTPなら受信後もサーバーにメッセージを残す設定にしておいてから実行されたほうが良いと思います。

こんにちは。

過去のログを検索したらもじら組フォーラムにありました。
Re: を無効化することは可能なようですが、 Re X: と順番に番号を付加できる
かは不明です。
"Thunderbird 件名の「Re:」表記"
http://forum.mozilla.gr.jp/?mode=al2&namber=25564&no=0&KLOG=163

参照：
Stop threading by subject - MozillaZine Knowledge Base
http://kb.mozillazine.org/Stop_threading_by_subject
Bug 273497 – messages with the same subject are groupped in one thread
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=273497

結局、上記の過去ログではどうなったのか不明ですので是非結果をレポートお願
いします。
スレッド表示の問題かと思いますが、やりとりをする中で番号付けは重複したり
前後する可能性があり、逆にややこしくなるのでは思います。

Thunderbirdの表示上での並べ替えであれば、
　表示＞並べ替え順序＞スレッド
にすると返信の順にスレッド表示されます（デフォルトは非スレッド）

返信の際に付けられる件名で Re [2]: の用にしたいというのでしたら私には分からないです（中途半端でごめんなさい）

Thandetbirdでの件名の表記の件。

返信回数に依存せず、一様に ”Re:” となる様ですが、
"Re^n : "　等の様に対応出来ますでしょうか？

環境
　MacOS X 10.3.9
　Thandetbird 2.0.0.0

宜しくお願いします。