これまでにお伝えしているとおり、私の環境ではタグ情報はメール本体のソースには含まれておらず、どうやらmsf file に保存されているようです。ところが、自宅の OS X 環境ではきちんとソースに記録されており、どうしてこうなったのかが未だに疑問です。
XP にて TB 2.0 をお使いの他の方々の状況はいかがでしょうか？

OS X 版の TB2.0 のメールのソースを確認してみたら、X-Mozilla-Keys がありました。
Win 版では、msf ファイルに格納されることになったのか、それとも私の Win 版 TB2.0 に問題があるのか？謎は深まるばかりです。
ちなみに OS X 版はトラブルもなく、1.5 からアップグレードしたことも忘れてしまう程、きちんと動作しています。

OS X: 10.4.9
PowerBook G4 1.33GHz, 768MB

開発者用の文書にタグの仕様書なんてないんでしょうか？

ローカルフォルダに移したメールのソースを見てみました。

From - Wed May 23 13:33:26 2007
X-Mozilla-Status: 0011
X-Mozilla-Status2: 00000000
Return-path: ******
Received: from ******
Received: from ******
Received: from ******
Date: Tue, 22 May 2007 21:19:43 +0900
From: ******
Subject: ******
In-reply-to: ******
To: ******
Cc: ******
Message-id: ******
MIME-version: 1.0
X-MIMEOLE: Produced By Microsoft MimeOLE V6.00.2900.3028
X-Mailer: Microsoft Outlook, Build 10.0.6626
Content-type: text/plain; charset=us-ascii
Content-transfer-encoding: quoted-printable
Importance: Normal
X-Priority: 3 (Normal)
X-MSMail-priority: Normal

やっぱりメール自体には、タグ情報が付けられていないようです。msf ファイルにあるのかもしれないと思い、エディタで開いてみましたが確信が持てません。タグ情報をどこに付加するかどうかについて、どこかに設定があるのでしょうか？（設定を変更した覚えはありません）

Thunderbird 2.0 のタグに関する解説と注意点です。
ご参考まで。

Thunderbird 2.0 のタグ - えむもじら
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index ... 060808_Tag

別トピでIMAPの環境で使っているような事が書かれてましたが・・・。
そのあたりも明示すれば、他トピも識者の方からアドバイス入り易いかも。

別のトピックで
「タグ」はメールヘッダの中にある項目の X-Mozilla-Keys
に書かれているとのことでしたが、先日苦労して設定したタグ情報がすべて消えてしまいました。また、自分宛に来たメールのソースを確認してみましたが、X-Mozilla-Keys という項目は見つけることができませんでした。

Windows版2.0：　バージョン 2.0.0.0 (20070326)
Dell Optiplex GX620
Intel Pentium 4 CPI 3.00GHz