よく起こる現象としては、
imapフォルダにあるメールの一つが別のメールのタイトルになる。開くとそのタイトルのメールになるが、検索フォルダでは正しく表示される。

ローカルフォルダ関連
特定のフォルダ（それも複数）のフォルダの全メールがなんかの表紙ですべて未読になる。フォルダの数が多いと一つずつ直さなければならないので、結構大変です。

後者の場合には、その前段階として要約ファイルの再構築の表示がでます。
あまり一般的に起こっていない現象なのかもしれません。だとしたら、何が悪さをしているのでしょう？ATOKかな？

いつも丁寧なコメントをありがとうございます。

うちの会社の場合、imap フォルダに受信メールが届くシステムになっています。
ただ、容量が80MBと小さいので、各人が自分でメールをローカルフォルダに移しています。

ちなみに最も頻繁におかしくなるのは、imap フォルダの msf ファイルです。一旦、捨てて再起動すれば元に戻るのですが、再構築は試したことがありません。次回、トラブルが発生したら試してみます。

なお、トラブルが発生しているのは imap フォルダだけではありません。プログラミングなどはまったくやったことがない素人ですが、印象としては msf ファイル回りに何か問題があるような気がします。

最適化をしてみたらどうなりますか?
その現象が起きているフォルダを選択して右クリック、
右クリックメニューから「最適化」。

別トピでIMAPの環境で使っているような事が書かれてましたが・・・。
そのあたりも明示すれば、他トピも識者の方からアドバイス入り易いかも。

TB 2.0 にアップグレードしてから、要約ファイルが勝手にかつ頻繁に再構築されるようになってしまいました。そのたびに待たされるので困っています。
また、別トピックでも投稿しましたが、同じ原因なのかどうかよくわかりませんが、既読済みのメールが未読に戻ってしまうという現象も何回か落ちています。
任意のタグを好きなだけ登録できるようになり、メールをフォルダに振り分けることなく検索フォルダだけで詳細に分類できるようになって非常に便利になった TB 2.0 ですが、この問題が解決できず非常に困っています。
どなたかご存じでしたら、ご教示の程よろしくお願いいたします。

Windows版2.0：　バージョン 2.0.0.0 (20070326)
Dell Optiplex GX620
Intel Pentium 4 CPI 3.00GHz
（Yahoo! Widget をインストールしてある以外には、極めてノーマルです。）

ちなみに自宅で使っている Mac OS X 版の TB 2.0 では、この問題は発生していません。