これまでの現象を整理すると以下になりますね。
[quote="yonta11"]・受信トレイの各フォルダとメールが消えました。
・メッセージフィルタとアドレス帳は有効になっているようです。
・新しいｱｶｳﾝﾄにプロファイルをコピーしてみましたがﾀﾞﾒでした。
・Mailフォルダの中にはデータが残ってるようなんですが・・・[/quote]
どのバージョンからアップデートしたのでしょうか。アップデートの方法は？
受信トレイ以外のフォルダは有り、メッセージも読めるのでしょうか？
プロファイルフォルダには複数のプロファイルが存在していませんか？
お使いの OS は？
メッセージデータの保存先は通常のプロファイルフォルダ以外にされていませんか？
（例えば D ドライブとか外付けドライブとか）

新規プロファイルを作り、以前と同じようにアカウント設定だけして Thunderbird を
一旦終了してメッセージデータのみを Mail フォルダ内のアカウントに一致するフォル
ダにコピーすれば見えると思うのですが・・・・。
念のためアカウント設定でメッセージの保存先の指定場所を確認してみてください。

ピリオドで終わるフォルダにはしていません。

Mailフォルダの中にはデータが残ってるようなんですが・・・

こんにちは。

Thunderbird 2.0 にアップデートしたらという事でしたら以下は該当しますか。

"1.5でピリオドで終わるフォルダー名を使っていると、Tb 2.0でメールが行方不明になる"
http://bugzilla.mozilla.gr.jp/show_bug.cgi?id=5701
Bug 379101 – Mail not showing sub-folders whose parent folder has multiple periods in its name
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=379101

記載されていた方法で新しいｱｶｳﾝﾄにプロファイルをコピーしてみましたが
ﾀﾞﾒでした。
バージョンアップした時点でメールは消えてしまったのでしょうか・・・？

以下類似事例です。

mozillaZine 日本語版 - 突然データがなくなりました。
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=2129

Thunderbird2.0にアップデートしたら、受信トレイの各フォルダとメールが消えました。
メッセージフィルタとアドレス帳は有効になっているようです。
どうすれば、消えたメールやフォルダは元に戻るのでしょうか?