こんにちは。
たぶん仕様変更に伴うものだと思います。
mail.pop3.deleteFromServerOnMov を true にすると 1.5 の時と同様に受信トレイ
からの移動で削除されると思います。(*自信なし)
参照:
Thunderbird 2 の新機能 - えむもじら
http://level.s69.xrea.com/mozilla/index ... rbird20new
Bug 378516 – Email not deleted from POP server with "Leave messages on server" "Until I delete them"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=378516