Thunderbirdでサーバ上のメールを見に行って手動で「選んで削除」は出来ないと思います。
むかし使っていたEdMaxはサーバ上のメールを見に行って「選んで受信」とか「選んで削除」が
手動で出来ました。(これは便利だったです)
サーバー内のメールを削除する事が出来るnPOPという軽いメールソフトもあります。
nPOPを使ったメールの削除方法
http://www.delahost.jp/support/manual/npop_delete.html
どうしても必要であればこれらを併用されては如何でしょうか。