最初に設定するときにいちいちフィルタのタブを開いて云々
ってするのがめんどくさくて・・・。
その最初の1回の手間を減らす方法が知りたいんです・・・。

自動では出来ませんが、alt+t, r のキー操作で出来るのでは？

（Thiunderbird 1.5rcなら受信時に同時に振り分けられますが）

それだとローカルフォルダのフィルタの設定になってしまうようでうまくいかなかったような・・・。

ヤフーのフリーメールから下ろしてきていて
その設定をするときにヤフー（仮）って名前を付けてたんですが、
相手のメルアドクリックからだとフィルタを設定するのがヤフー（仮）じゃ無くて
ローカルフォルダに関して設定されてしまうからだと思うんですが。

いっそ迷惑メールフィルターのように学習するようにして
1回受信ボックスから各フォルダに振り分けたら後は半自動・・・って風になれば言うこと無いんですが・・・。
我侭すぎるかもしれませんね・・・。

メッセージペインで差出人のアドレスを右クリック、「メッセージからフィルタを作成」を選んでやれば、フィルタの条件に差出人のアドレスが入った状態からフィルタを作成できます。
あとは適切なフォルダへ振り分けるよう設定してやればいいだけなので、一から作るよりはかなり楽になると思います。

フィルタって迷惑メールのやつだけなのかと思ってました（－▽－；）
迷惑メールに登録するような感覚でフィルタわけする拡張機能なんかあったら便利なのですが・・・。

メッセージフィルタで差出人を条件にしてやればできますよ。
アドレスごとだけでなくアドレス帳単位でも指定できます。

携帯電話のように簡単にアドレスごとにメールフォルダに振り分けられるようになりませんか?