もしかして、
Thunderbirdってフィルタ処理の途中でも「フォルダの最適化」の処理が走行しませんか？
これが「フォルダが他の処理で使用中です」というダイアログの原因のような．．．

処理中は閾値を超えることだけ記憶しておいて、最適化は後でやって欲しいと思うのは贅沢？
＃ どうせバックグラウンドでやっているんだろうし．．．

閾値を上げたほうが良いのか下げたほうが良いのか．．．