参考まで。

http://mozilla.jp/blog/entry/5362/

[size=100][color=blue]※質問するなら、せめて [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]「フォーラムの利用に関するご案内」[/url] 、とりわけ [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#2]質問するときは[/url] に目を通し、OS の種類とバージョンなど使用環境についての最低限の情報ぐらいは書き添えましょう。[/color][/size]

お使いの OS 環境、以前の Firefox のバージョンなどが不明で、「マウスの操作で戻る・進むが出来なくなった」が具体的にどのような操作（例：マウスジェスチャー？　ホイール操作？　その他？）なのかも分かりませんので、ピンポイントの解答はできかねますが、アップグレードにともなう問題でありがちなのはアドオンの互換性やプロファイルの不具合です。
　　｜ 例えば、マウスの動作を割り当てていた何らかのアドオンが
　　｜ Firefox 3.6 には未対応なため機能しなくなった...ということも、
　　｜ 可能性としてはありますから。

問題点を切り分けていくために、下記を参考にしてセーフモードや新規プロファイルでの動作を確認してみることをお勧めします。

・セーフモード
http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89
・不具合診断チャート
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart
・基本的なトラブルシューティング（公式サポート）
http://support.mozilla.com/ja/kb/%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E7%9A%84%E3%81%AA%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0

標記件、マウスはmicrosoft社のを使用しています。
バージョン3.6にしたとたん、利かなくなりました。
解をお持ちの方、ご教示ください。