蛇足ながら...。
こちらの記事も参考になるのでは、と思います。
http://d.hatena.ne.jp/Rockridge/20090201/1233466465
いろいろ意見はあるが現状ではそういう仕様になっているということみたいですね。
上記ページには、「ダウンロード」フォルダの自動生成を抑止する拡張機能 bug476311.xpi のリンクがありますが、この記事が書かれた時点でのバージョン対応なので、Firefox 3.6 に普通にインストールしようと思ってもバージョンチェックの関係でインストールきません。
ただし、強制的にインストールすれば、「ダウンロード」フォルダの自動生成を抑止する機能は、いちおう 3.6 でも働いています。
また、手間をかけてまで拡張機能を入れるのはためらわれるという場合、現象の頻度を軽減させる策としては、一度 [ツール] -> [オプション] -> [一般] -> [ダウンロード] -> [次のフォルダに保存する] でダウンロード先を指定したあとは、オプション画面の [一般] をなるべく開かないことです。
オプション画面を閉じるとき [一般] 以外を選択した状態で閉じることで、次にオプション画面を開いたとき不用意に [一般] が開いて「ダウンロード」フォルダが生成されることがないよう、抑制することはできるでしょう。
あとは、目障りなだけで実害はありませんから、「ダウンロード」フォルダを隠しフォルダに設定して気にしないことでしょうか。
お節介ですが、いちおう追加情報まで。