[quote="tok"]Linux firefox 3.6 で javaplugin のインストールに関して、plugins フォルダが見あたらないのですが、
どうやって動作させるのでしょうか？[/quote]
CentOSやFedora、Redhat系なら以下の手順で利用可能になると思います。
JREを入れて、/usr/lib/firefox-3.x.x/plugins とか、FirefoxがインストールされているところのpluginsにJREのプラグインのシンボリックリンクを貼るだけです。
http://ytooyama.spaces.live.com/Blog/cns!916D80FD288EB35A!412.entry

時間が経っているので、もうご覧になっておられないかもしれませんが...。

・Firefox 3.6 以降のバージョンで Java 6 Update 10 以降が必要なのはなぜですか。
http://www.java.com/ja/download/faq/firefox_newplugin.xml

↑という事情があり、例えば Fedora のコミュニティでは↓このようなやりとりがあります。

・Fedora Users Forum
http://fedora.forums-free.com/firefox-3-6java-plugin-t254.html

お使いの Linux のディストリビューションや Java Runtime Environment のバージョンなど具体的な要件がよくわからないし、ぼく自身ごくたまにしか Linux に触らないのでスキルもないし、抽象的なコメントしか付けられなくて申し訳ありませんが、多少なりとも参考になればということで。
※すでにご存知の情報であれば、この書き込みは無視してください。

【その他、一般的な情報】
・Java プラグイン利用ガイド（Mozilla）
http://support.mozilla.com/ja/kb/Using+the+Java+plugin+with+Firefox
・Java ヘルプセンター（Sun Java）
http://www.java.com/ja/download/help/

Linux firefox 3.6 で javaplugin のインストールに関して、plugins フォルダが見あたらないのですが、
どうやって動作させるのでしょうか？