理屈の上では、Firefox の標準機能でできると思います。

（1）メニューから、[ツール] -> [オプション] -> [コンテンツ] とたどり、[ポップアップウィンドウをブロックする] のチェックを外す。
　⇒ これで [b]原則としてポップアップを許可[/b]
（2）特定のサイトを開いたときに、[ツール] -> [ページの情報] -> [サイト別設定] -> [ポップアップウィンドウを開く] で、[標準設定を使用] のチェックを外し、ラジオボタンで [ブロック] を選択。
　⇒ これで [b]特定のサイトだけ禁止[/b]

【注意点】
・とりあえず最初は特定のサイトにアクセスして、[サイト別設定] を施すことになると思います。
・Firefox 3.0.14 にはその項目はないのですが、3.5 系では、履歴関係の設定の仕方によっては、[サイト別設定] を消去する設定が有効になっていると、Firefox の終了毎に特定サイトの情報が毎回消去され、上記（2）の設定が保持されないことがあります。
・Firefox の標準機能で可能というだけで、ぼく自身はその設定の具体的な使用経験はほとんどありませんから、うまく機能しないサイトとかがあるかもしれません。あくまで参考として、あとは自分でお試しください。
・こういうやり方以外をお望みでしたら、そういう機能を持ったアドオンを導入することになると思いますが、具体的にどんなアドオンがあるかまでは知りません。

以上、外してたらすみません。

Firefoxのポップアップブロックは「原則としてポップアップを禁止し、特定のサイトだけ例外的に
許可する」という指定のしかたですが、逆に「[b]原則としてポップアップを許可し、特定のサイトだけ
禁止する[/b]」という指定のしかた（サイト名の指定にワイルドカード文字列を使う等）は
できないのでしょうか？

Firefoxバージョン　：　3.0.14
OSバージョン　：　WindowsXP Professional SP2