各設定はプロファイルに保存されるため、ただ再インストールするだけではほとんど無意味です。
下記を参考にプロファイルを作りなおしてみてください。
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile
なお、ブックマークはプロファイル内のbookmarks.htmlというファイルです。
これをブラウザで開いて中身を確認してください。
中身が正常なら、Firefoxを終了した状態で古いプロファイルから新しいプロファイルにコピー後、Firefoxを起動すればブックマークは元に戻ります。