サポート記事にも書かれていますが、一応補足しておきます。
おそらく、「ウェブページが指定したフォントを優先する」のチェックを外していないのだろうと思います。
ブラウザ側のフォント設定は、サイト側で具体的なフォントが指定されていない場合に使用されるものです。
強制的に適用したい場合は、上記のオプションを無効にする必要があります。

ただし、無効にした場合は一部のWEBフォントによるアイコンを使用しているサイトで不都合が生じる可能性があります。
WEBフォントアイコンを提供している下記サイトをオプションを有効／無効で見比べてみてください。
http://kudakurage.com/ligature_symbols/

といっても、最近はほとんどのサイトでインラインSVGのアイコンを使うのが主流になってきてるので問題なくなってるようです。

設定は従来より変更はありません。
https://support.mozilla.org/ja/kb/change-fonts-and-colors-websites-use


が、Macだと以下の記事がありました。
該当バグが登録されているかは不明。
https://qiita.com/yaslam/items/d4973c3bb757a1ef8086

最新バージョンでFフォント設定を行っても変更されない不具合？があるのですが
フォント設定を変えるにはどうすれば良いのでしょうか