当方の OS X 10.11 El Capitan 環境では問題有りません。
1) IM を OS標準の『ことえり』を使用しても、問題は発生しますか?
2)ATOK2008は、
ATOK 2008 for Mac アップデータを適用済みでしょうか?
未適用だと、『64ビットアプリケーションで、カーソル位置に文字を挿入できない場合がある』と情報が下記のリンク先に有りますね。
http://www.justsystems.com/jp/os/macosx/#osx6ジャストシステムのホームページを見ると、動作的に微妙な印象も受けますが^_^;。