追記。

Firefox5.0.1にバージョンダウンして試してみました。
最近閉じたウインドウの履歴数「browser.sessionstore.max_windows_undo」を0に変更しても
6.0と同じく限りなくウインドウが表示されていきます。
Adobe Flash playerが関係しているのかとアンインストーラーでアンインストールし
再インストールし直しても直りません。

ひょっとすると
Anti-Banner 11.0.2.579
Kaspersky URL Advisor 11.0.2.579
Kaspersky Virtual Keyboard 11.0.2.579
が関係しているのかもしれません。

Firefox4.0でも同様の症状が起きるか確認してみようかと思いましたが力尽きました。申し訳ありません。

お返事ありがとうございます。

[quote]OSは何？[/quote]
Windows7 Home Premiumです。

[quote]「白紙の状態から作り直し」ているとのことですが、ブックマークなど、過去のプロファイルから復元(インポート)していらっしゃいますか？[/quote]
ブックマークだけインポートしています。その他は一切インポートしていません。
面倒くさいですがいちいち設定し直しています。

[quote]真新しいプロファイルで、過去のデータは一切入れない(戻さない)状態で、再現されますか？[/quote]
はい。再現されます。
つい今しがた、再確認のために新しいプロファイルを作り、about:configも全く変更せずに確認してみましたら
「最近閉じたタブ」の最大表示数は「10」でしたが
「最近閉じたウインドウ」の表示数は増えていくばかりです。（デフォルトの設定では「3」のはず）

[quote]真新しいプロファイルで、アドオンなど登録されているものはありますか？(アドオンマネージャーで確認してください)[/quote]
セキュリティソフトがKaspersky Internet Security 2011なので
Anti-Banner 11.0.2.579
Kaspersky URL Advisor 11.0.2.579
Kaspersky Virtual Keyboard 11.0.2.579
がどうしても入ってしまいますが、対応していないので最初から無効になっています。
あとJava Console6.0.26も同様に無効です。

[quote]Yahoo!ツールバーといった何らかのツールバーをご利用でしょうか？[/quote]
ツールバー等は一切使用していません。

とにかく履歴が消えない時があるのと、最近閉じたウインドウの履歴がどんどん増えていくのが気持ち悪くて仕方ありません。
いっそのこと3.6.20に戻そうかとすら思ってしまいます。何かご助言をお願い致します。

OSは何？

[quote="アロエ"]
Firefoxは上書きインストールをせずにプロファイルごと全てアンインストールし
再度インストールし直し、全く白紙の状態から作り直しましたが同じ症状になります。
別の当たらしいプロファイルでアドオンを入れていない状態でも同様です。
「browser.sessionstore.max_windows_undo」が機能しないのはバグなのでしょうか？[/quote]

「白紙の状態から作り直し」ているとのことですが、ブックマークなど、過去のプロファイルから復元(インポート)していらっしゃいますか？

真新しいプロファイルで、過去のデータは一切入れない(戻さない)状態で、再現されますか？

真新しいプロファイルで、アドオンなど登録されているものはありますか？(アドオンマネージャーで確認してください)

Yahoo!ツールバーといった何らかのツールバーをご利用でしょうか？

Firefox6.0にしてから「最近閉じたタブ」と「最近閉じたウインドウ」の履歴を消そうとして
「最近の履歴を消去」をクリックしても消えないことが時々あります。（発生条件は不明です）
Firefoxを一度閉じてから再度「最近の履歴を消去」すると消えます。
Firefox5.0の時はこんなことは起きませんでした。
気持ち悪いのでabout:configから
最近閉じたタブの履歴数「browser.sessionstore.max_tabs_undo」を1に変更し
最近閉じたウインドウの履歴数「browser.sessionstore.max_windows_undo」を0に変更しました。

デフォルトでは最近閉じたウインドウの履歴「browser.sessionstore.max_windows_undo」は3になっているので
履歴に残る数も3のはずなのに、どんどん増えていって気づけば20サイトくらいになっています。
0にしても履歴に残る一方です。セーフモード（アドオン全て無効）でも同様の症状が起きます。

「browser.sessionstore.max_tabs_undo」の1はちゃんと反映されていて、デフォルトの10でも
特に問題なく10サイト残るだけです。（ただ履歴を消去で消えないことはありますが）
「browser.sessionstore.max_windows_undo」が全く反映されていないので
これは自分だけに起きている症状なのでしょうか？

Firefoxは上書きインストールをせずにプロファイルごと全てアンインストールし
再度インストールし直し、全く白紙の状態から作り直しましたが同じ症状になります。
別の当たらしいプロファイルでアドオンを入れていない状態でも同様です。
「browser.sessionstore.max_windows_undo」が機能しないのはバグなのでしょうか？