連続して開いたポップアップウインドウの中に、
途中からツールバーの配置がおかしくなったものがあり、
その後再起動させると、やはり配置がリセットされてました。
（かなりの高確率でおかしくなります）

再インストールしました。プロファイル全削除です。
しばらく様子を見ます。

ありがとうございます。
リンク先に参考になる情報がありましたので、しばらく様子を見てみます。

まず。
すべてのアドオンはFirefox 4.0に正式に対応したものですか？

[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E7%9A%84%E3%81%AA%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0]http://support.mozilla.com/ja/kb/基本的なトラブルシューティング[/url]

新しいプロファイルを作り、現象が再現されるかを確認。
再現される場合、Firefox以外の原因の可能性あり。(3.6からということだと、こちらの可能性が高いかも。)
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E8%A8%AD%E5%AE%9A%E3%81%8C%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%AA%E3%81%84]http://support.mozilla.com/ja/kb/設定が保存されない[/url]

再現されない場合、
・ひとつずつアドオンを入れていき、都度、再現されるかを確認。
ひとつが原因となる場合が多いですが、ある組み合わせによって起こる場合もありますので、しっかり直したい場合は、丁寧に確認を。

ひとつのプロファイルを、異なるバージョンのFirefoxで使いまわすと不具合を引き起こす場合があります。(特にアドオンなどでカスタマイズしている場合)

現在４を使ってますが、前の3.6からずっと続いている現象です。
ツールバーをカスタマイズして使っていますが、長いときは一週間、短いときは半日くらいで、カスタマイズしたツールバーがリセットされてしまいます。
ウインドウの位置などはそのままで、ツールバーの位置だけがほとんど元に戻ってしまいます。
グーグルのツールバーを入れてましたが、外しても現象は発生しました。
セーフモードでlocalstore.rdfを作り直しても効果はありません。
アドオンは、noscript,PDFdownload,configuration mania,greasemonkeyが3.6からずっと使っているものです。
もうお手上げです。同様の症状の方、もちろん対処法をご存知の方、よろしくお願いします。

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