こんな方法があったので載せておきます。
Firefox のプロファイルのあるディレクトリに prefs.js というファイルがあるはずなので、それをコピー&貼り付けをしてファイル名を user.js に変更します。(新規に user.js というテキストファイルを作成してもよいのですが、メモ帳などで保存する際に形式を明示的に UTF-8 と指定する必要があります。pref.js ファイルをコピペした場合はもともと UTF-8 形式になっているので気にしなくて大丈夫です。)
user.js のファイルの中身を記述します。以下3行が例です。
user_pref("capability.policy.policynames", "nojs");
user_pref("capability.policy.nojs.sites", "http://ja.wikipedia.org
http://en.wikipedia.org");
user_pref("capability.policy.nojs.javascript.enabled", "noAccess");
1行目でポリシーの名前を決めます(あとから自分でみてこれなんだっけ?とならない程度でなんでもよいと思います)。
2行目で javascript を無効にしたいWebサイトを記述します。この例では、Wikipedia の日本語サイトと英語サイトです。
3行目は書き換える必要はないのでそのままにしておきます。
この user.js を作成したら、もし Firefox を起動中であれば一度終了します。
Firefox を起動したときに、この user.js は読み込まれて、設定したサイトで javascript が無効になっているはずです。