みなさん、返答ありがとうございました。

結局はFirefoxのバグなんですね。
確認は取れているようですので、いずれは改善されると期待して待つことにします。

[quote="macaw"]恐らくこのバグだと思います。

Bug 531552 – Firefox 3.6 opens two windows when opening external links
[url]https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=531552[/url]

OS X の Fx3.6にのみおこるバクです。[/quote]
[quote="macaw"]3.6
ウインドウが２個開き、一つにはクリックしたURL、
もう一つには起動時に開く設定にしたページが開く[/quote]
タブ関係の拡張 Tab Mix Plus 0.3.8.2 を無効にし、
Firefox は起動していない状態にてメール内の URL をクリックして
Firefox を起動して動作確認しました。
Thunderbird 3.0.4 と Firefox 3.6.2 で OSX 10.6.3 の環境で、
起動時に開くページは Yahoo! JAPAN に設定しています。

以下、事象再現のスクリーンショットです。

[url=http://img179.imageshack.us/i/thscreenshot02.jpg/][img]http://img179.imageshack.us/img179/250/thscreenshot02.jpg[/img][/url]


#おっと、3.6.3 へ更新しないと・・・。

恐らくこのバグだと思います。

Bug 531552 – Firefox 3.6 opens two windows when opening external links
[url]https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=531552[/url]

OS X の Fx3.6にのみおこるバクです。私の適当な英語力で
読んでみたところだと、なんか難しそうな感じです。

一応どのような挙動かを簡単に書いておきますと、

・Firefox は起動していない状態
・Firefox が標準のブラウザ
・この設定で外部アプリでURLをクリックすると

3.5
開くウインドウは一個、その中にクリックしたURLと、
起動時に開く設定にしたページ（ホームや前回のセッションとか）が開く。

3.6
ウインドウが２個開き、一つにはクリックしたURL、
もう一つには起動時に開く設定にしたページが開く

だいたいこのようになります。う〜ん伝わるかな。

[追記]

新しいウィンドウに開くようにしている場合も、同じ理屈だと思います。

>Firefox 起動している状態で Thunderbird を起動してメール内の URL をクリックすると新しいタブでメール内の URL が開きます

>Firefox 起動していない状態で Thunderbird を起動してメール内の URL をクリックして Firefox を起動すると空白(無題)のタブとメール内の URL のタブの２つが開きます。

どちらも理屈は同じです。
Firefoxはひとつのタブが必ず開いた状態で起動します。この段階で、上記前者の「起動している状態」になります。
ここから、URLが新しいタブで開きます。

したがって、起動していない状態からだと、空白タブ+URLタブという状態になります。
通常動作だと思います。

[quote="KATO"]後ろのウィンドウは白いままで、手前のウィンドウにリンク先のページが表示されます。[/quote]
類似の事象が私のところでも見られるので・・・。
Thunderbird 3.0.4 と Firefox 3.6.2 で OSX 10.6.3 の環境です。
タブ関係の拡張は Tab Mix Plus 0.3.8.2 を使ってます。
(質問者さんは拡張機能導入はされていないとのことですが。)

私の環境では、Firefox 起動している状態で Thunderbird を起動して
メール内の URL をクリックすると新しいタブでメール内の URL が開きますが、
Firefox 起動していない状態で Thunderbird を起動して
メール内の URL をクリックして Firefox を起動すると
空白(無題)のタブとメール内の URL のタブの２つが開きます。
以下は空白(無題)のタブとメール内の URL のタブの２つが開いたスクリーンショットです。

[url=http://img30.imageshack.us/i/screenshot01nj.jpg/][img]http://img30.imageshack.us/img30/2516/screenshot01nj.jpg[/img][/url]

追記です。
先にも書きましたが Mail.app は使用していないため検証していません。
もし Mail.app や Finder を拡張するプラグインなどの常駐型ユーティリティをインストールしている場合は OS をセーフブートして問題が再現するかも確認してみてください。

ちなみに、私は Growl と MidleClick というトラックパッドの動作を拡張するユーティリティのみをインストールしています。

[quote="KATO"]後ろのウィンドウは白いままで、手前のウィンドウにリンク先のページが表示されます。
FirfoxからURLをコピーした「.webloc」ファイルから開いても同様の現象が見られます。[/quote]
”メールに書かれた URL をクリック…’というのが Mail.app や Thunderbird のようなメールクライアントなのか Gmail などのウェブメールのことなのか書かれていないので、検証できているのかが分かりませんが、当方の Mac OS 10.6.3 で Thunderbird 3.0.4、ウェブ上の Gmail、デスクトップ上の .webloc で確認しましたが、それぞれの対象 URL は新規タブで開きます。

Firefox の環境設定の「タブ」パネルの”新規ウィンドウではなく新規タブで開く”に’チェックが入っていますか？（デフォルトでチェックが入っています）。その設定にチェックが入っていなければクリックした URL は新規ウィンドウで開きます。


[quote="KATO"]どうも、3.6にしてからこの現象が出始めました。[/quote]詳しくお書きになっていないので文面から想像するに、Firefox 3.5 やそれ以前のバージョンからアップデートされたのだと思いますが、”新規ウィンドウではなく新規タブで開く”にチェックが入っていても新規ウィンドウで開いてしまう場合は、Firefox をセーフモードで起動して「全てのユーザ設定をリセットする」にチェックを入れ「変更を実行して再起動」するとどうなりますか？
[img]http://dl.dropbox.com/u/220637/mozillazine_pic/forum_fx9969_img1.png[/img]
# Firefox のセーフモード起動：[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89]Firefox サポート / ナレッジベース / セーフモード[/url]

[quote="KATO"]後ろのウィンドウは白いままで、手前のウィンドウにリンク先のページが表示されます。[/quote]それはダブルクリックするからではないでしょうか。
普通はシングルクリックで開くと思うのですが、Macは違うんでしょうか．．．

こちら（Windows 7）で Thunderbirdでメールに書かれたURLをダブルクリックすると同じURLのページを表示したFirefoxが２つ起動します。
そちらで片方のFirefoxのウィンドウが白いままなのは描画が間に合わなくて途中でやめてしまった状態だと思います。

[color=red]※ FirfoxではなくてFirefoxです[/color]

後ろのウィンドウは白いままで、手前のウィンドウにリンク先のページが表示されます。
FirfoxからURLをコピーした「.webloc」ファイルから開いても同様の現象が見られます。

システムはMacOSX10.6で、Firfoxは3.6.2です。

どうも、3.6にしてからこの現象が出始めました。

アドインなどは何も入れていないのですが・・・