[quote="syun4598"]同期とは、現行のデータで 以前同期したデータを上書きすることだと 理解していたのですが、違うのですか。[/quote]
Firefox Sync が行っているのは双方向での情報の同期です。
バックアップや復元とは根本的に異なりますし、一方向での同期（ミラーリング）とも違います。
aides さんが紹介されたサポート記事は Firefox Sync のセットアップについて書かれたものであり、
syun4598 さんの疑問を解消するには不十分ですが、冒頭に書かれた下記の注意書きは重要です。[quote]重要: Sync は、データバックアップサービスではありません。データの消失を防ぐには、Firefox プロファイルのバックアップ を実行するべきです。[/quote]
syun4598 さんの状況に関して何もわからないので、とりあえず Firefox Sync について説明をしたいと思います。

Firefox Sync サービスにデバイスを接続してる状況は例えば下の添付画像のような感じです。[attachment=0]Firefox Sync.jpg[/attachment]
同じFirefox アカウントでログインして Firefox Sync サービスに接続することにより、デバイス上の Firefox のプロファイルの指定した情報が Firefox Sync のサーバーと双方向同期され、それが他の接続しているデバイスの Firefox のプロファイルの指定した情報と双方向同期が行われます。
ここで注意しておきたいのは、あくまでデバイスとサーバー間であり、デバイス間で同期を行うわけではない点です。

では肝心の、情報（ファイル）を双方向で同期するというのはどういうことでしょうか。

すでに述べたように、ユーザーが一方向に定めてサーバーにバックアップしたり、サーバーから復元したりということはできません。
デバイスとサーバーを接続して同期を行うと、お互いが同じ状態になるようにやり取りを行います。
サーバーに以前接続していたデバイスの古いデータが残っていた場合、そのサーバーに別の Firefox が接続すると、そのデータを持っていなければ取り込もうとします。
逆に Firefox が持っていてサーバーに無い情報をサーバーに送ります。
そういう場面を見れば、たしかに混ぜ合わすことになります。
そして、Firefox と サーバーが同じ状態になったら同期が完了です。

例えばブックマークで考えてみます。
Firefox と サーバーが同じになった状態から、Firefox 側で個々のブックマークを追加、削除、変更すると、それがサーバーに送られて反映されます。
では、デバイスを追加するとどうなるでしょう。
その新しいデバイスの Firefox とサーバーの間で、ブックマークが過不足なく同じになるように同期処理が行われます。
そしてサーバーが更新されたら、それと最初のデバイスの Firefox の間でも同期処理が行われます。
デバイスが（過去に接続ものも含めて）複数になるとややこしいですが、各デバイスの Firefox での「データの操作」をサーバーを仲介して時系列で反映処理している、と考えると理解しやすいと思います。

Firefox Sync に新規またはしばらくぶりに接続した際、サーバーとデバイスの状態が違い過ぎると、期待した動きと違ってびっくりすることがあるかもしれませんが、いったん同じ状態になってしまえば、追加すればそれが反映されますし、削除すればサーバーも他のデバイスでも消えます。内容を変更してもそれが反映されます。

ブックマークに関しては、以前は並び順を整理しても元に戻されるという話が上がっていましたが、自分でやってみましたら問題なくできましたので改善されたのだと思います。
もし、うまくいかないという場合は、下記のブログ記事にあるように、ブックマークのバックアップと復元を使って一度のデータ操作で一気に行う方法を試してみるとよいでしょう。

[url=https://aimix.jp/wordpress/android/707/]Firefox Syncで同期するとブックマークがぐちゃぐちゃになる[/url]

Firefox Sync では混ぜ合わせるようにしてデバイスとサーバー、そして複数デバイスを同じ状態に同期していきますが、では混ぜ合わせたくない場合はどうすべきでしょうか。
それが、用途が違うものを混ぜ合わせたくないということであれば、用途ごとに Firefox アカウントを用意して、別々に Firefox Sync するべきでしょう。

さらに、Firefox アカウントならびに Firefox Sync を使い分けたいという場合はどうすべきでしょうか。
Firefox Sync は Firefox のプロファイルに対して作用します。
そのため、ある一部のデータ項目だけアカウントAで同期、別の項目をアカウントBで同期といったことは困難です。
したがって、用途A用のプロファイルをアカウントAで同期、用途B用のプロファイルをアカウントBで同期といった運用になるかと思います。

プロファイルを切り替えて使うのは慣れてしまえば実に簡単です。
ただ、その方法をここで説明しようとすると長くなってしまいますので、下記を参考にしてみてください。

[url=https://laboradian.com/firefox-multi-profiles/]Firefox で複数のプロファイルを使い分ける方法[/url]

【追記 3月6日 09:56】
上記ブログ記事に関して補足です。
[list]
[*]プロファイルを指定して Firefox を起動する場合、現在のバージョンでは -no-remote オプションは不要というか付けないことが推奨されています。
[*]about:profiles「プロファイルについて」に関して注意点があります。 https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=2&t=18366 も合わせてお読みください。[/list]

ブログ記事を紹介しましたが、個人的にはリンクの別トピックの「コマンドラインオプションを付けて Firefox を起動する方法」に書いた方法が簡単でお勧めです。
オプションとして -p プロファイル名ではなく、任意のフォルダーのパスを -profile で直接指定することができます。

* [url=https://support.mozilla.org/ja/kb/how-do-i-set-sync-my-computer]コンピューター上で Sync をセットアップするには？ | Firefox ヘルプ[/url]
上記を熟読すれば疑問への解決方法が導き出せます。

Firefox sync の 同期とは、以前同期したデータと 現行のデータを混ぜ合わせることなんですか？
今は使っておらず昔使っていたアドオンやブックマークの一部が復活します。
今使っているデータが消えるかと思うと怖くて使えません。
同期とは、現行のデータで 以前同期したデータを上書きすることだと 理解していたのですが、違うのですか。