最後のタブを閉じても終了しないをfalseに
browser.tabs.closeWindowWithLastTab : false

現在のタブの右隣に新しいタブを開く　ブックマークからも右隣に開くをtrueに
browser.tabs.insertAfterCurrent : true

about:configにてこれらの設定を行い。
すべてのタブが選択され、Ctrl+Wもしくは任意のタブの閉じるボタンで
すべてのタブが閉じられたときFirefoxが操作不能になっていましたが、
browser.tabs.insertAfterCurrent : true の替わりとなる回避策となりうるアドオンが存在しました。

常に現在のタブの右側に新しいタブを開くアドオンです。
Open Tabs Next to Current
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/open-tabs-next-to-current/?src=search

以前利用していたアドオンだったので、もしやと思いつきました。
私にとってFirefoxのタブの開く位置はアクティブなタブのすぐ右隣に開くことが理想でしたから、
browser.tabs.insertAfterCurrent : true は必要な変更となっていました。

しかしアドオンOpen Tabs Next to Currentは browser.tabs.insertAfterCurrentをtrueに変更することがないため、
すべてのタブを選択しすべてのタブを閉じたときに問題が発生することはありません。

Open Tabs Next to Currentを有効にしていると一番右にあるタブ？が一瞬ちらつきつつ、
現在のタブの右側に新しいタブが開かれるのですが、操作ができなくなるという問題が避けられるのであれば
これは些細なことに思えます。

EarlgreyTeaさんpalさんaidesさん。
回避策となり得るアドオンを思い出すことができたのも皆さんのおかげです。
特にEarlgreyTeaさん。動作確認など貴重な時間を返信に割いてくださりありがとうございました。

Ctrlキーを押しながらタブをマウスクリック　→　一つ一つ個別にタブ選択できる
任意のタブを右クリックし「すべてのタブを選択」　→　文字通りすべてのタブを選択できる
この違いでしかないと思います。

私がBug 1514601と同様の現象に直面したのはCtrl＋クリックの操作がその始まりでしたし、
Ctrlキーを押しながらタブをマウスクリックしていくことで「すべてのタブを選択」することもできるのですから、
Ctrl＋クリック という操作は不要とは言えないのではないでしょうか。

要は「すべてのタブが選択された状態ですべてのタブを閉じる操作」により起きる現象なわけですよね。

このような操作を避けるよう注意しながら、陥ってしまったときにはFirefoxを再起動させることで対応していくこととします。
この件でEarlgreyTeaさんに現象の確認をしていただき知見を深められたことに感謝します。

[quote="pal"]おかしなことをやればおかしなことになるのはごく自然なこと。[/quote]
それはちょっと違うかなと思います。
完全にユーザーの運用責任に帰する問題であるならそうですが、許可された操作を行った結果で操作不能になるのであれば、それはソフトウェアのバグです。

[quote="pal"]それが不具合なのかは私には判断できかねますので、再現確認はしておりません。[/quote]
操作不能状態になるのであればそれは明確に不具合です。
優先度を勘案して対処を後回しにして（そのまま忘れられる）もしくは対処しないことが決定されることもありますが、それはその後の話です。
再現確認をせずに何も判断はできないはずです。

＞EarlgreyTeaさんへ

現象に至る行動に無駄を感じたから尋ねたのです。
おかしなことをやればおかしなことになるのはごく自然なこと。
それが不具合なのかは私には判断できかねますので、再現確認はしておりません。
悪しからず。

anzu さん
私が認識している問題は Ctrl＋クリック という操作は不要です。

Bug 1514601 の再現手順は
[list=1]
[*]ブラウザーを起動する。
[*]browser.tabs.insertAfterCurrent を true にする。
[*]browser.tabs.closeWindowWithLastTab を false にする。
[*]2番目のタブを開く。
[*]タブの上で右クリックし「すべてのタブを選択」をクリックする。
[*]Ctrl + W を押す。（右クリックで「タブを閉じる」でも、×をクリックでも同じ）[/list]
です。

[quote="anzu"]一つ残ったタブの選択を解除すると新しいタブを開けるようにはなるのですが、[/quote]
それについては認識していませんでしたが、先ほどこちらでも確認しました。

[quote="anzu"]そのようにしてタブを開いていくことで更に複数のタブが重なり乱れるという現象も起きてしまうのです（静止画像をご覧ください）。[/quote]
それは本質ではありません。
すでにタブ管理が壊れてしまっているので、もはや終了するしかない状態です。

[quote="anzu"]２年前から放置状態ということでしたが、操作不能になる。タブ表示が乱れることは今後解消してほしいものです。[/quote]
そう思うのでしたらご自身で行動しましょう。
待っているだけでは何も変わりません。

Firefoxの動作として通常だと一つだけになったタブはCtrl+マウスクリックで選択することはできないのですが、
アクティブなタブが選択された状態で全てのタブが閉じられてしまうと、最後に残った一つのタブが選択されたままになるんですね。
Firefox想定外の状態とでも言いましょうか、これによりいくつもの問題が起きてしまいます。

非アクティブなタブは選択するとタブの上辺に選択状態を表す青い線が追加されるものの、
アクティブなタブには選択状態を表す印が何も付かない分からないことから、この問題が認識し辛くなるのかもしれません。

私のアップしたgif画像を見てみますと一つだけ残ったタブにピンマークが付いていることで選択されたままであることが分かります。
選択解除することができることも分かると思います。

一つ残ったタブの選択を解除すると新しいタブを開けるようにはなるのですが、
そのようにしてタブを開いていくことで更に複数のタブが重なり乱れるという現象も起きてしまうのです（静止画像をご覧ください）。
https://i.imgur.com/HCbUawm.png

palさんがタブを複数選択する意味はないと指摘していた通り、このようなタブ操作はこれまであまり行われなかったことかもしれません。
しかしながらCtrl+マウスクリックによる複数タブの選択をサポートするアドオンも少しづつ出てきていることですし、
この問題に直面し当惑するFirefox利用者（私みたいな）も増えてくるのではと思います。
２年前から放置状態ということでしたが、操作不能になる。タブ表示が乱れることは今後解消してほしいものです。

aides さん
残念ですが全くの見当違いです。
そもそも私が再現させているのを無視していませんか？
本件は2018年12月16日(PST) に報告されたものの、 Priority: P3、Severity: normal に設定されて放置されているバグです。

Bug 1514601 Selecting all tabs and then closing them while browser.tabs.closeWindowWithLastTab is false can "break" that window

pal さんにも言えることですが、再現確認くらいしましょう。

気に為った点。

＞＞タブを選択（Ctrl＋マウス左ボタン）
何故素直にマウスでの左クリックだけにしないのか？

>>状態で複数のタブを選択する。
>>選択されたアクティブなタブを一つだけ残して他のタブをすべて閉じると最後のタブが閉じれなくなり
矛盾してませんか？
複数のタブを選択してるのに、何故後半では単独のタブのみ選択してるのか？

>>最後のタブが閉じれなくなる
タブ関連のアドオンを導入してませんか？

何れにしても、Firefox 基本的なトラブルシューティング。
http://support.mozilla.org/ja/kb/Basic%20Troubleshooting
上記の事を全て着実に実行して確認。

[quote="anzu"]about:configの重要な変更を一つ見逃していました。[/quote]
確認しました。

[list]browser.tabs.loadBookmarksInTabs : true[/list]
は関係ありません。
さらにいうと、Ctrl+クリック という操作も関係ないです。
[list]browser.tabs.closeWindowWithLastTab : false[/list]
かつ
[list]browser.tabs.insertAfterCurrent : true[/list]
の場合にFirefoxを終了するしかない状況が発生しますね。

以前の Firefox 60 の動作を確認してみましたが、
[list]browser.tabs.closeWindowWithLastTab : false[/list]
の場合、最後のタブが閉じられると新しいタブを生成して Firefox を閉じないように対応していたようです。
右側にタブを追加しようとして失敗し、おかしな状況になっているみたいです。

「すべてのタブを選択」→「タブを閉じる」という操作が出来るようになったのは最近なので、こういうケースが想定されていなかったのか。

about:configの重要な変更を一つ見逃していました。お詫びします。

browser.tabs.insertAfterCurrent : true
browser.tabs.loadBookmarksInTabs : trueに加えて最後のタブを閉じても終了しないもfalseとした状態です。

// 最後のタブを閉じても終了しない 初期値true
user_pref("browser.tabs.closeWindowWithLastTab", false);

可能ならお手数ではありますが、上記三つの変更にてお試しいただけないでしょうか。

anzu さん
動画も見て同じ手順で試してみようとしたのですが再現しません。

以下の手順です。
[list=1]
[*]Firefox 80.0.1 を新規プロファイルにて起動（初期設定は行わない）。
[*]about:config にて下記を設定。
[list]
[*]browser.tabs.insertAfterCurrent : true
[*]browser.tabs.loadBookmarksInTabs : true[/list]
[*]ブックマークサイドバーから下記の順にページを開く。
[list=1]
[*]ヘルプとチュートリアル
[*]Mozilla のコミュニティ
[*]Firefox をカスタマイズしてみよう[/list]
[*]Ctrlキーを押しながら、左から1番目、2番目のタブを左クリックする。
[*]Ctrlキーを離し、1つ目のタブの×ボタンを左クリックする。[/list]

この結果、
すべてのタブは閉じられて Firefox は終了しました。
3番目のタブがフォアグランドのまま、1番目と2番目を選択したわけですから3つとも閉じられるのは予想通りです。
動画を見ても3つのタブにピンが表示（私はこの設定はやっていませんが）されています。
ちなみに、1番目を通常クリック、2番目をCtrl+クリックの場合は、3番目のタブが残り、それを×で閉じることも問題なくできています。

もう一度、再現手順および環境で他に何かないか、ご確認ください。

【追記】
Windows NT 6.3 というと Windows 8.1 でしょうか。
少し気になりますね。

本筋じゃないことですが気になったので…
再現性といったら、再現性がある／ないとか、高い／低いとか、そんなものです。
再現手順が判明したということかと思うのですが。

複数のタブを選択することはよく用いている操作なのですが、
「タブを一つだけ残して他のタブをすべて閉じる」ためにしているわけではありません。

以前のことですが、たまたま選択されたアクティブなタブが一つだけ残ったときに新規タブで開けなくなったことがありました。
しばらくの間再現性が不明で、もやもや気持ちになっていたところを動作検証を繰り返し行なった結果、
先に書いたことにより再現性が判明したということでした。

これには続きの動作がありまして、文章では伝わりづらいかと思いgif画像を準備してみました。
選択されたアクティブなタブが一つ残った状態から選択解除後ドラッグ操作にてタブ移動を行うと、
タブとタブの間に謎の空白ができてしまう。新規タブボタンの位置がおかしくなる。などの現象が起こるというものです。
https://i.imgur.com/OWHzFll.gif

作成したばかりの新規プロファイルにて。
browser.tabs.insertAfterCurrentとbrowser.tabs.loadBookmarksInTabsをtrueに。
選択されたタブがよく分かるようuserChrome.cssに.tabbrowser-tab[multiselected="true"]を用いたピンマークを付けてあるだけのFirefoxでおこないました

[quote="anzu"]
browser.tabs.insertAfterCurrent
（現在のタブの右隣に新しいタブを開く。ブックマークからも右隣に開く。初期値false）をtrueにした状態で複数のタブを選択する。
選択されたアクティブなタブを一つだけ残して他のタブをすべて閉じると最後のタブが閉じれなくなり、
ページ上のリンクとブックマークと履歴から新しいタブで開くことができなくなる。
新規タブボタンからもロケーションバー、検索バーからも新しいタブで開けなくなる。[/quote]
複数のタブを選択
これをやる意味は？
「タブを一つだけ残して他のタブをすべて閉じる」だけなら、残すタブを右クリックしてコンテキストメニューからできます。
複数選択する必要性はありません。

いつ頃からなのか不明なのですが、タブを選択（Ctrl＋マウス左ボタン）した状態でタブを閉じて行ったときに
Firefoxが操作不能になることがあり、再現性の検証もできました。
動作としては仕様？なのかもしれませんけれども操作不能になってしまうのは致命的問題だと思います。
再現性は以下の通りです。

browser.tabs.insertAfterCurrent
（現在のタブの右隣に新しいタブを開く。ブックマークからも右隣に開く。初期値false）をtrueにした状態で複数のタブを選択する。
選択されたアクティブなタブを一つだけ残して他のタブをすべて閉じると最後のタブが閉じれなくなり、
ページ上のリンクとブックマークと履歴から新しいタブで開くことができなくなる。
新規タブボタンからもロケーションバー、検索バーからも新しいタブで開けなくなる。

同時にbrowser.tabs.loadBookmarksInTabs
（ブックマークから新しいタブで開く。初期値false）をtrueにしてあると、最後のタブが閉じれなくなる。
ブックマークと履歴から開くことができなくなる。ページ上のリンクは同じタブでのみ開ける。

Firefoxを再起動することで正常に戻る。