ここ最近ではなく、ずいぶん前からの仕様です。

ブックマーク時にポップアップするダイアログの「フォルダ」のところで、「ブックマークメニュー」を選択してください。
https://support.mozilla.org/ja/kb/bookmarks-firefox#w_ciccagczckagauagcouiaelygociaececackagcouiacaoaoaeagka

ブックマークの際に、ここ最近のバージョン（たぶん58.0から？）から、ブックマークメニューではなく
他のブックマークに保存されてしまいます。ブックマークするたびに、
ブックマークメニューを選択するか、もしくは、他のブックマークに保存した場合は、ブックマークメニューに移動しなければなりません。
これは仕様が変わったのでしょうか。設定でブックマークメニューに保存できるようにはならないのでしょうか。

使用環境
Windows10 Pro 64bit
Firefox 58.0.2 (64bit)

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