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当方 Windows ユーザーなので、Mac 関係の詳細はわかりませんが、リプライがないようなので場つなぎ的に...。

iOS 版の Firefox と デスクトップ版（OS X 用）の Firefox におけるブックマークの同期に関するお話ですよね。

Firefox ユーザーとしての一般教養の範囲いえば、2 種類の OS 上の Firefox のブックマークを同期する手段は、いくつかあると思います。

例えば、Firefox のネイティブな同期機能である Sync を使うとか、Apple 社が提供している iCloud を使うとか、サードパーティ製の同期サービスである Xmarks などを使うとか、いろいろ考えられます。

そのうち、Firefox Sync に関しては、次のようなサポート記事があります。
（参考）・iOS で Firefox の閲覧履歴を同期する | iOS 版 Firefox ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/sync-your-firefox-browsing-history-ios

この中に下記のような注記がありますので、Firefox Sync については現状で制約があるのだと思われます。
[quote]ブックマーク: このバージョンの Firefox は、Android デバイスや Mac、Windows、Linux コンピュータ上の Firefox から、iPad、iPhone、iPod touch へブックマークを同期できます。iOS デバイスに保存されたブックマークは、Android デバイスや Mac、Windows、Linux コンピュータへは同期されません。[/quote]
十分ご存知のことだったら余計なお世話になって申し訳ありませんが、以上です。

（余談）
ご承知のように、iOS 版の Firefox は、iOS を管理している Apple 社の制約によって、ブラウザのエンジンに Gecko を使えません。
他のプラットフォームでは、いずれも Gecko エンジンで Firefox が動いていますが、iOS 版だけは Webkit エンジンです。そのあたりに、Firefox Sync での同期に制約をもたらす要因があるのかもしれませんね。いずれ解消されることを期待したいと思います。

macデスクトップ版とios版の未整理のブックマークが別々に保存されてしまうのですがこれ同期で一つに統一できないのでしょうか？