検索したらここがヒット。
なるほど、アドオンをいれたら親フォルダの表示ができました・
質問者さん、回答者さん、アドンを提供してくださった作成者さん、ありがとうございます。
アドオンは
Show Parent Folder 2

をいれました。

アドオンをいれてから
メニューバーから
ツール→アドオン→拡張機能→Show Parent Folderの行にある
設定より
階層を表示するにチェックを入れて
ついでに
階層を逆順に表示するにチェックを入れて
OKをしました。

次に
メニューバーから
ブックマーク→すべてのブックマークを表示
で、表示されたブックマーク一覧のメニューバーの
表示→表示する列→親フォルダにチェックを入れたら、親フォルダがわかりました。

ブックマークの一覧から検索してでてきたブックマークがどこのフォルダに
格納してあるか？分からないで困っておりました。

回答ありがとうございます。

親フォルダが表示されるだけで少しは助かりました。

がっ、例えば
Aフォルダ→親フォルダ→ブックマーク
Bフォルダ→親フォルダ→ブックマーク

と、AとBの両方に同じ名のフォルダがあるので、表示された親フォルダが、Aにあるフォルダなのか、Bにあるフォルダなのかチェックしなければなりません。（親フォルダ名を親フォルダ名_aなどにすればいいのかもしれませんが）


当方のFirefoxでは、以下のようなことが多々あります。どんな時に起きるのか不明です。順を追って説明します。
1、AページをAAフォルダ内にブックマーク。

2、 次に、このURLが同じAページをブックマークメニューからブックマークしようとする際は「このページをブックマーク」ではなく、「このブックマークを編 集」になるはず。しかし、「このページをブックマーク」のままということが多々？あり、以前にブックマークしたページではないと、とりあえず「ブックマー クメニュー（フォルダ）」内にブックマーク。

3、しかし、Aページは確か以前にブックマークしたはずだと、「履歴とブックマークの管理」より検索すると、これらブックマークがヒット。

4、親フォルダが分からないのでとりあえずブラウザに表示させ、ブックマークメニューから「このブックマークを編集」を選択するとフォルダのところにブックマークした親フォルダが確認できる。
し かし、ヒットされたどのブックマークでもこのフォルダが「ブックマークメニュー（フォルダ）」になっていることがあり、ファイルが重複しているのが嫌なの で片方を削除すると、「ブックマークメニュー（フォルダ）」のAページブックマーク、あるいはAAフォルダ内のAページブックマーク、はたまた両方とも消 えてまうといった怪奇現象がありました。検索でヒットされたブックマークの実態は？？といった状態です。

こんな面倒な思いをするくらいなら1ブックマーク1ファイル、エクルプローラ2つ並べて移動、及び確認できるIE形式がいいなと思った訳です。ブックマークはIEで編集します。

ありがとうございました。

[quote="buuk"]例えば「履歴とブックマークの管理」で検索したブックマークがヒットしたとします。
しかし、このヒットしたブックマークがどこのフォルダに入っているか分からないため管理に苦労します。

ヒットしたブックマークをブラウザで表示させ、ブックマークのメニュー→ブックマークの編集でフォルダ名が分かりますが、同じ名前のフォルダが別の階層にあるとどちらなのか判断できません。[/quote]
[履歴とブックマークの管理] ウィンドウで、ご質問のような場面において右ペインにリストアップされた各ブックマークの親フォルダを把握または移動するには、昔から次のアドオンが定番でしょう。
（参考）
・Show Parent Folder
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/show-parent-folder/
・Go Parent Folder
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/go-parent-folder/


[quote="buuk"]また、削除したブックマークが、あるいは「ブックマークの編集」で別のフォルダに移動したブックマークが、表示上、直ぐに反映されないので、どのブックマークが実態なのか分からなくなります。
（例えば、移動したはずのブックマークが元フォルダに残っているので、それを削除すると移動先のファイルも削除されている？ときもある、、、）[/quote]
少なくとも当方の環境（Windows 8 Pro 64bit + Firefox 39.0）では、ブックマークの削除や編集に関して、移動や削除結果の反映が遅延することや、意図しない削除がおこなわれてしまうような症状は起こっていません。
ごく円滑に、移動、編集、削除等の結果が直ちに反映され、二重に存在したり、その一方を削除すると他方も削除されるようなことはまったくありません。

これは、上記の親フォルダ云々とは別の意味で、buuk さんの Firefox に何らかの問題が起こっているのではないでしょうか？
上記のアドオンを導入する前に、「セーフモード」や「新しいプロファイル」などで動作を点検し、問題点を特定して取り除いておいたほうがいいと思います。
ブックマークの動作が不安定な状態で、ブックマークに作用する新しいアドオンを導入することで、さらに不正常な動作を助長してしまうかもしれないからです。
（参考）・基本的なトラブルシューティング
https://support.mozilla.org/ja/kb/troubleshoot-and-diagnose-firefox-problems

[quote="buuk"]つまりIEみたいにエクプローラー上でお気に入りを編集（コピペ、及び移動）できれば楽なのですが、どうにかこのような方法で管理できる方法がないでしょうか。[/quote]
ブックマーク／お気に入りに関して、どのような管理方法、操作方法が使いやすいと感じるかは、主に "慣れ" による個人差が大きいと思います。なので、Internet Explorer のほうが使いやすいというご意見を頭から否定するつもりはありません。
しかしながら客観的にいえば、いまだに大量のインターネットショートカットファイルでお気に入りを管理している Internet Explorer より、データベース管理に移行している Firefox のほうが信頼性は高いと思います。

ただそうはいっても、Firefox のブックマーク管理まわりに何かしらの障害が発生して正常に働かなくなっているのなら、使い勝手の悪さばかりが際立つことはあると思います。

どうしてもということなら、ブックマークの形式を変換するツールを使うなどして、Firefox 形式のブックマークを、Internet Explorer 形式のお気に入りに変換したものを、エクスプローラ上で編集し、その結果を逆変換して Firefox に取り込む ―― という方法は可能だと思います。
もっとも、そのような手間と変換時（往復）に起こるかもしれない動作不良などのリスクを背負うよりは、現在の Firefox に起こっていると思われるブックマーク管理の不具合を解消してしまったほうが、長い目でみればずっと効率的だろうとは思います。

とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。

（余談）
投稿時に使ったブラウザのユーザーエージェントを拝見すると、Windows XP で Firefox をご利用のように見受けられます。
すでに Microsoft のサポートが終了して久しい Windows XP と、その上で稼働する Internet Explorer を使い続ける危険性を十分理解した上で、なお使い続けなければならないご事情があるのなら、余計なお世話になってしまいますが、念のために注意喚起しておきます。
Firefox の最新バージョンを使えば Firefox のセキュリティ脆弱性には対処できますが、OS 自身が無修正のまま持ち続けている脆弱性をカバーすることはできませんし、そこから派生して影響を受ける他のアプリケーションの問題をカバーすることもできません。

些細な質問で恐縮です。

例えば「履歴とブックマークの管理」で検索したブックマークがヒットしたとします。
しかし、このヒットしたブックマークがどこのフォルダに入っているか分からないため管理に苦労します。

ヒットしたブックマークをブラウザで表示させ、ブックマークのメニュー→ブックマークの編集でフォルダ名が分かりますが、同じ名前のフォルダが別の階層にあるとどちらなのか判断できません。

また、削除したブックマークが、あるいは「ブックマークの編集」で別のフォルダに移動したブックマークが、表示上、直ぐに反映されないので、どのブックマークが実態なのか分からなくなります。
（例えば、移動したはずのブックマークが元フォルダに残っているので、それを削除すると移動先のファイルも削除されている？ときもある、、、）

説明がへたくそで上手く伝わってないと思いますが、つまりIEみたいにエクプローラー上でお気に入りを編集（コピペ、及び移動）できれば楽なのですが、どうにかこのような方法で管理できる方法がないでしょうか。