横から失礼します。
自己解決されたようですが、この先、本トピックを参照される方のために書いておきます。
ごろべえ さんが書きました:
件名通りなのですがFirefoxを起動させたら突然
ブックマーク・ブックマークツールバーのアイコンが□になってしまいました。
元々のプロファイルの状態や、ご質問の問題が起こった前段階で何かあったのか、なかったのか、問題発生時に実際に何が起こったのかがよくわかりませんが、ファビコン（favicon / ＝サイトアイコン）の挙動に関して知っていることを書きます。参考にしてみてください。
（a）サイトが提供するファビコンは、
1. それがサイト側から正しい方法で提供されていて、
2．Firefox がファビコンを拒否していなければ（デフォルト）、
―― Firefox はそのデータをプロファイルに保存し、ブックマークに反映させます。
ファビコンデータが保存されているのは、places.sqlite です。
（b）通常、ブックマークのバックアップは、プロファイル内の bookmarkbackups フォルダ内に複数保存されています。
ふつうは一日に一回、json 形式のバックアップファイル（bookmarks-yyyy-mm-dd.json）が自動的に作られます。
【重要】この json 形式のバックアップファイルにはファビコンデータは含まれていません。
（c）何らかの事情で places.sqlite が破損したり、認識できなくなった場合、Firefox は可能な限り、bookmarkbackups フォルダ内にあるブックマークのバックアップデータから、直近のブックマークを復元しようとします。
（d）"サイトの URL 情報に変化は認められないのに突然ファビコンだけが消失する現象" で考えられるのは、places.sqlite が破損し、（b）のバックアップデータからブックマークを自動復元したようなケースでしょうか。
（e）このような状況に陥ったプロファイル内には、ブックマークの管理に関連したファイル群が、不適切なまま残ってしまうことがあります。
ここに、別にバックアップしてあったプロファイルのデータを上書きしても、ブックマーク関連の新旧のファイルが混在してしまうためますます整合性が崩れ、結局（C）が再実行されてしまう可能性が高くなります。
（f）こうした状態への対処としては、次のようなやり方があります。
現行プロファイルにある（おそらく破損した）ブックマーク関連のファイル／フォルダをすべて [削除／移動／リネーム] して Firefox が起動時に認識できないようにした上で、バックアップから places.sqlite だけをコピーするやり方です。
バックアップからコピーした places.sqlite が正常なら、これで改善される可能性はあります。
（g）（f）の既存のプロファイルから [削除／移動／リネーム] するのは、次のファイル／フォルダです。存在しなければ無視してかまいません。
--------------------------------------------------------------------
places.sqlite …… ブックマークと履歴の実体であるデータベースファイル
places.sqlite.corrupt …… Firefox が不正な状態と判断して隔離したもの
places.sqlite-shm …… places.sqlite のデータ管理記録
places.sqlite-wal …… places.sqlite のデータ管理記録
--------------------------------------------------------------------
他にも、places.sqlite の文字を含むファイルがあれば、同様に処理します。
bookmarkbackups フォルダのバックアップを念のために確保しておきたいなら、移動かリネームがいいでしょう。
【注】ご承知とは思いますが、プロファイルの復元をはじめプロファイル内を操作するときは、必ず Firefox を終了した状態でおこなってください。さもないと、さらに症状を悪化させてしまうことがあります。なぜなら、起動中はロックされているファイル、起動中のみ生成される作業用の一時ファイルがあり、こうしたものを不用意に扱うとプロファイル内の情報に乱れをもたらすからです。
ごろべえ さんが書きました:
試した事は
・Firefoxをアンインストールせず、MozBackup 1.5.1でプロファイルの復元、結果変わらず。
・Firefoxをアンインストール後、新規インストール後MozBackup 1.5.1でプロファイルの復元、結果変わらず。
MozBackup は使ったことがないので、どういう動作をするかはよく知りませんが、もし、Firefox 31.0 のときのプロファイル全体のバックアップデータを、Firefox 34.0 で使っている現行プロファイルに単純に上書きしているのだとしたら、新旧のバージョンで（i）変更されたファイル、（ii）追加されたファイル、（iii）廃止されたファイル ―― が混在し、かえって症状を悪化させることがあります。
ブックマークだけに問題が起こっているのに、プロファイル全体の "復元" をかけると、正常な部分にも上述のような新旧ファイルの混在をもたらしかねません。
もしも、そういう手順で復元を試みておられるなら、既存のものとは別の新しいプロファイルとしてバックアップを復元し、それを指定して Firefox を起動してみてください。→（補足１）
（参考）・[解決済み] MozBackupで復元できません
viewtopic.php?t=8889ごろべえ さんが書きました:
・Firefoxをアンインストール後、プロファイルも削除、新規インストール後MozBackup 1.5.1でプロファイルの復元、結果変わらず。
新しくプロファイルを作っただけで、そのプロファイルで一度も Firefox 34.0.5 を起動させていないところに、バックアップデータを書き戻しているのに改善されないのは解せません。
一度でもそのプロファイルで Firefox を起動して使っていると、places.sqlite 関連のファイル群が作られているところに、31.0 のバックアップからデータを持ち込む結果になっていることも考えられ、この場合は上述のような不整合が起こってしまうケースがあるかもしれません。
もうひとつ考えられるとしたら、バックアップデータが破損している可能性です。
ごろべえ さんが書きました:
・アドオンを一つずつ無効にしてみる、結果変わらず。
ファビコン情報は健在だが、アドオンの影響で表示できなくなっているのなら、これで問題点を絞り込めるかもしれませんが、複数のアドオンの組み合わせによって誘発された問題なら、さらに点検が必要かもしれません。
また、何かしらのアドオンが原因だったとしても、それによってファビコンデータがすでに破壊されているのなら、あとからアドオンを無効にしても破損が修復されるわけではありません。
ごろべえ さんが書きました:
ブックマーク・ブックマークツールバーからアクセスすればアイコンは元に戻るのですが
ということは、Firefox の機能としては問題なく、これまでのブックマークに保管されていたはずのファビコン情報を消失した可能性のほうが大きいと推測できます。
ごろべえ さんが書きました:
数が100近くあって大変なのでなんとか一括で戻す方法があればと思います。
もし現行プロファイルにある places.sqlite が破損してしまったのなら、HTML 形式のブックマークをエクスポートしていない限り、json 形式のバックアップからはファビコンを復元できません。「一括で戻す方法」を求めるなら、バックアップからの復元に期待をかけるしかないと思います。
「復元に使用したプロファイルはFirefox 31.0でバックアップを取った物」が正常で、その places.sqlite に含まれるであろうファビコンとサイト情報で満足できるなら、これを復元するのが一番簡単な方法だとは思います。
（補足１）
Firefox 31.0 のとき MozBackup でバックアップしたプロファイルを Firefox 34.0.5 では認識できない場合、バックアップにも問題がある可能性が出てきますが、もし Firefox 31.x ESR を使ってそのバックアップを正常に読み取れる（ファビコンが表示される）のであれば、そこからブックマークを HTML 形式でエクスポートし、これを 34.0.5 のプロファイルにインポートする、という手も考えられます。→（補足２）参照
（補足２）
正常にファビコン情報を保持している places.sqlite から HTML 形式でエクスポートしたブックマークには、ファビコン情報が含まれています。
ただし、json 形式のファイルには含まれているデータベースとしての情報の一部が含まれていません。どちらも一長一短なのですが、何はさておきファビコンを活かしたいというのが最優先のニーズなら、ブックマークを HTML 形式でエクスポートしたものがあると、対処の幅が広がります。
今後の対策として、Firefox の終了処理が遅くなるというデメリットはありますが、終了時に HTML 形式のブックマークを自動的にエクスポートする隠し設定を使って、日常的に HTML 形式のブックマークを確保しておく方法もあります。
（注意）
PC の引っ越しなどプロファイル全体を一括して扱うときは MozBackup のようなツールは便利ですが、今回のように部分的に問題が起こっているときに、プロファイルの構造や内容物の状態を考慮せず使ってしまうと、逆に傷口を広げてしまうケースも実際にあります。
Firefox のプロファイルの仕様もバージョンアップされるごとに変化があります。例えば、31.x 系と 34 系ではパスワード情報を管理しているファイルが変更されています。こうした部分を考慮しないで古い仕様のツールを使うと、ユーザーの期待通りのバックアップと復元ができないケース、別の部分に不具合をもたらしてしまうケースが出てきます。必ず問題が起こるとは限りませんが、使い方によっては自ら不具合を作り出してしまうリスクが増えることにご注意ください。
とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。
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