自分も beta のどこかからは忘れましたが Win7 Pro SP1 + Fx 17 で同じ問題が出ていました。
ただ、Sync でアドオンなどを統一している環境のうち、デスクトップだけで発生していてノート PC では発生していなかったので「環境固有の問題がアップデートで出てきたのかな？」と深く考えずにノートの permissions.sqlite をデスクトップに持ってきて強引に解決してしまいましたが 8)

[quote="pal"]たぶん以下でしょう。

Bug 813865 - Cookies exceptions not saved&History settings not saved
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=814189]Bug 814189[/url] - Firefox 17 forgets all cookie permissions each time it is restarted[/quote]
palさん、ありがとうございます。

まさしくコレですね。
自分的には permissions.sqlite を削除してすぐに解決できたので bugzillaまでは追いかけていませんでした。f(^_^;

たぶん以下でしょう。

Bug 813865 - Cookies exceptions not saved&History settings not saved
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=814189]Bug 814189[/url] - Firefox 17 forgets all cookie permissions each time it is restarted

2012年11月20日に Firefox17がリリースされましたね。
バッキーはすぐに Firefox 16.0.2からアップデートしました。
ところが、アップデート直後から、なぜだか「Cookie 設定の確認」ウィンドウが表示されるようになりました。

このウィンドウの表示自体は ツールメニュー → オプション → プライバシー → 「Cookieを保存する期間」を「毎回確認する」に設定してあるので正しいのです。

しかし、「Cookie 設定の確認」ウィンドウで「このサイトからの Cookieは今後も同様に処理する」にチェックマークを入れているいるにも関わらず、そのサイトを開くと「Cookie 設定の確認」ウィンドウが表示されてしまうのです。

とりあえず permissions.sqlite を削除するとこの現象は直るのですが、それまで設定した Cookie保存の設定が全て失われてしまうのが玉にキズです。

いまのところ、この件について日本語での情報が乏しいので、自分のブログに「状況説明と対処方法」を書きました。
よかったら、参考になさってください。

「Firefox17の不具合？ : 「Cookie 設定の確認」で設定した内容が維持されない」
http://backy0175.at.webry.info/201211/article_5.html