[size=100][color=blue]※質問するときは、[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url] 、とりわけ [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#2]質問するときは[/url] に目を通し、OS の種類や Firefox のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color][/size]

複数台の PC が対象とのことなので、ご利用の OS 環境を特定できないのかもしれませんが、文面から想像するに Windows 系の環境ですよね。利用したい Firefox のバージョンは、現状では 12.0 系が最新ですが、法人ユーザーなら 10.0.x ESR でしょうか。

ご質問の主眼は、
（1）独自のインストーラを作る方法が知りたい、
（2）目的の変更点を反映させるファイルとその変更方法が知りたい、
―― のうち、どちらでしょうか。あるいは両方でしょうか。

独自のカスタマイズを施したインストーラを作成し、それを各ユーザーに配布してそれぞれにインストールを実行してもらうのか、管理者が一元的な管理のもとで各クライアントにインストールするのか、そのあたりの条件にもよると思いますが、ごく一般的に Firefox の独自インストーラ作成ツールで有名なものには次のようなものがあります。
・[url=http://mozilla-remix.seesaa.net/article/254959068.html]Mozilla Re-Mix: カスタマイズされたFirefoxインストーラを作成することができるソフトウェア「Firefox Addon Maker」[/url]

ぼく自身は使ったことがありませんし、ご要望に合致するかどうかはわかりませんが、とりあえずの情報ということで...。

（重要な補足）
十分認識されているのなら余計なお世話になってしまいますが、もし未見なら下記に目を通されることをお勧めしておきます。・[url=http://mozilla.jp/business/faq/]Firefox と Thunderbird のよくある質問 | 法人向け情報 | Mozilla Japan[/url]
とくに「アップデートを無効にしたいのですが？」の項目です。
＊必要なら有償サポートを選択肢に入れたほうがいいかもしれません。

（普通の補足）
インストールされた Firefox でいうと、デフォルトの設定値が保管されている各ファイル（bookmarks.html や firefox.js など）は、アプリケーションディレクトリ内の omni.ja というファイルに含まれています。
ただし、omni.ja はアーカイブになっていますから、初期設定値を保持する各ファイルを変更したいなら、ここから必要なものを抽出し、編集後に元に戻す必要があります。
（インストーラに変更を加える場合でも、考え方は同様だと思います。）

デフォルトの設定ファイルに変更を加えた状態でインストールすると、変更された内容が初期値として反映されますが、各ユーザーがあとから設定を変更したり（例：自動更新を有効化）、ブックマークを編集（例：「特定のお気に入り」の削除）することは可能です。
インストール後も各ユーザーの行動を制限したいような場合は、さらに別のアプローチが必要になると思います。

とりあえず以上です。外してたらすみません。

Firefoxを複数台のPCにインストールしなければなりません。
PCのfirefoxの設定（特定のお気に入りを追加するのと、自動更新をしない設定）をインストールexeに組み込んで統一したいのですが、何か良い方法はありますか？

１台毎に設定すれば良いのですが、台数が多い為非常に大変です。

何か良い方法があれば教えていただければと思います。